《全国生态功能区划》是中科院面向国家战略需求和国际科学前沿，在发挥生态学领域长期研究积累的基础上，联合环境保护部共同完成的重要创新成果，是中国科学院知识创新工程科技创新服务于国家需求的典型案例。全国生态功能区划是基于生态环境保护的产业结构调整和布局的重要决策依据，是依法加强资源开发环境监管的重要尺度，是实施区域生态环境分区管理的基础和前提，是继我国自然区划、农业区划之后，在生态环境保护与生态建设方面的重大基础性工作，是生态环境保护由经验型管理向科学型管理转变，由定性型管理向定量型管理转变，由传统型管理向现代型管理转变的一项重大基础性工作。

党中央、国务院高度重视生态环境保护工作。2000年，国务院颁布了《全国生态环境保护纲要》，明确了生态环境保护的指导思想、目标和任务，要求开展全国生态功能区划，为经济、社会和环境保护持续健康发展提供科学支持。从2001年开始，环境保护部会同有关部门组织开展了全国生态环境现状调查。在此基础上，由中国科学院生态环境研究中心以甘肃省为试点开展了省级生态功能区划研究工作，并编制了《全国生态功能区划规程》。2002年8月，环境保护部会同国务院西部开发办联合下发了《关于开展生态功能区划工作的通知》，启动了西部12省、自治区、直辖市和新疆生产建设兵团的生态功能区划。2003年8月开始了中东部地区生态功能区划。2004年全国31个省市自治区和新疆生产建设兵团完成了生态功能区划编制工作。2004－2005年在各省生态功能区划基础上，又会同中国科学院编制了《全国生态功能区划》（初稿）。初稿完成后，先后召开了多次全国性技术分析协调会和专家论证会。来自中国科学院、高等院校和相关研究单位的100多位专家，其中有几十位院士参加了专家论证会，于2006年10月，形成《全国生态功能区划》征求意见稿。其后，将《全国生态功能区划》征求意见稿发送国务院各部门和各省、直辖市区、自治区，征求意见，并做进一步修改。修改稿完成后，又征求了部分院士的意见，于2007年5月形成了《全国生态功能区划》。

《全国生态功能区划》对我国生态空间特征进行了全面分析，对生态敏感性、生态系统服务功能及其重性进行了评价，确定了不同区域的生态功能，提出了全国生态功能区划方案。据此方案，全国被划分为216个生态功能区。其中，具有生态调节功能的生态功能区148个，面积占国土面积的78%；提供产品的生态功能区46个，占国土面积的21%；人居保障功能区22个，面积占国土面积1%。