广大科学家深受“广州会议”鼓舞
    中共中央于1962年1月11日至2月7日，召开扩大的中央工作会议,即“七千人大会”。会议比较系统地初步总结了大跃进以来经济建设工作的基本经验教训，对待缺点错误的态度比较实事求是，会议上表现的民主精神和自我批评精神，使全党受到鼓舞。1962年2月15日至3月10日，国家科委在广州召开全国科学技术工作会议(简称“广州会议”)。广州会议原定的主题是研究讨论1963——1972年十年科学技术发展规划制定的有关问题。科学院建议能借此会议进一步了解贯彻《十四条》的情况，听取科学家的意见。聂荣臻决定给会议再加一个主题：进一步贯彻《十四条》，突出调整与知识分子的关系。
　　广州会议的代表共453名，代表中有中科院、高等院校和各部门的科学家共310名，其中的200名是中科院学部委员，其余代表为各有关部门负责科学技术领导工作的干部。聂荣臻主持大会，韩光、张劲夫、杜润生、陶铸、蒋南翔、于光远等参加了会议领导。这些领导人都参加了七千人大会，因而把大会的精神也带到了广州会议。受“七千人大会”的影响，到会科学家发言踊跃，提出许多批评和建议。有科学家提出“资产阶级知识分子”的帽子，压抑了广大知识分子的积极性。针对此意见，聂荣臻请周恩来、陈毅先后在会上着重讲了知识分子问题(参加听报告的还有文化部同时在广州召开戏剧创作会议的代表)。
　　周恩来在会上的讲话中指出十二年来“我国大多数知识分子已有了根本的转变和很大的进步”。后来，陈毅受周恩来嘱托，作了为知识分子“脱帽加冕”的讲话，他说：你们是人民的科学家、社会主义的科学家、无产阶级的科学家，是革命的知识分子，应该取消“资产阶级知识分子”的帽子，今天我给你们行“脱帽礼”。广大科学家对此欢欣鼓舞、反映强烈，主人翁的责任感大大提高。广州会议对科学院的工作起了很大推动作用。
　　揭示吗啡镇痛的作用机制
　　吗啡镇痛机制的研究不仅在神经药理方面具有重要学术意义，而且可以指导更好地进行药物研究和医学临床。科学院上海药物所的研究生邹冈与其导师张昌绍署名的有关微量注射吗啡镇痛作用部位的研究论文，先后在1962年6月《生理学报》和1964年《中国科学》(外文版)第8卷第7期上发表，在吗啡镇痛机制的研究上取得突破，引起国内外同行的重视，被认作是先驱性的或里程碑式的成就。
　　邹冈在上海第二医学院当助教时就关注中枢神经化学传递问题的研究。1957年，考入上海药物所药理专业研究生后，开始这方面的实验研究。他以兴奋剂、惊厥药、麻醉药、镇痛药等为指标，研究中枢化学传递的规律。发现向家兔脑室注射10-20微克吗啡时，产生了强烈的镇痛效应。由此得出结论：吗啡的镇痛作用部位必定在脑室结构周围。采取脑定向仪脑内微量注射法，证明第三脑室周围灰质及导水管周围灰质是吗啡发挥镇痛作用的部位。又经过实验，得出结论：吗啡的作用系通过对脑室周围结构的选择性作用，间接地影响中枢神经系统其他部位。这两个结论均被国际同行多次重复所证实并引用。该研究获1982年国家自然科学二等奖。
　　邹冈研究生毕业后仍在上海药物所做研究工作。1963年，他提出去甲肾上腺素与吗啡镇痛密切有关的新观点。1964年还发现脊髓背角有一些神经原也对吗啡敏感，提出吗啡镇痛中也有脊髓成分。他在进行新镇痛药筛选中，还发现延胡中有一种可以阻断某些中枢抑制过程，并有拮抗γ-氨基丁酸的作用的一种结晶，即荷包牡丹碱。这一新发现因“文革”中学报停刊未能发表。1970年，英国《自然》杂志上发表的澳大利亚奎弟斯(Cuitis)论文，与邹冈的工作相同。这一发现的重要性不亚于吗啡镇痛部位的研究。
　　在1964年“四清”运动中，邹冈的研究课题被作为“脱离实际”的典型进行解剖。文革中更遭受批判，神经药理学研究被砍掉。七十年代，西德、美、英等国的一些神经药理学家在重复邹冈工作的基础上有了进一步的发展。直至1978年，邹冈才重新回到神经药理学领域，开展脑活性多肽研究。
　　发现光合磷酸化高能态
　　1962年8月，植物生理所沈允钢等在国际上最早发现了植物光合磷酸化过程中高能中间态的存在，使光合磷酸化机制研究大大迈进了一步。
　　合磷酸化是光合作用中光能转变为化学能的重要反应。上海植物生理所光合作用研究室于1959年开始光合磷酸化的研究。在殷宏章等的领导下开展了测定光合磷酸化的量子需要量，研究光合磷酸化的中间步骤。1960年，他们测得各种光合磷酸化的最低量子需要量为4左右，可与光合作用的量子需要量相对应。在测定光合磷酸化量子需要量的过程中，他们观察到有一种特殊的“光强”效应，即当光强降低时，光合磷酸化的量子需要量会逐渐上升，而与之偶联的电子传递的量子需要量保持不变。在追究磷酸化中间步骤与这光强效应的关系时，发现了叶绿体在照光后在暗中可与底物反应形成腺三磷，即从实验中测到了磷酸化高能态的存在。这一结果在1962年8月《中国科学》发表，在国际上引起广泛的重视和研究，以后大量研究证明这高能态在电子传递与磷酸化偶联中起关键作用。至今，国外还经常提到光合磷酸化高能态的发现。在高能态的性质及其与光合磷酸化的关系研究中，1963年，他们推测高能态可能有不同的可互相转变的存在状态，80年代研究表明质子(或高能态)是存在有非区域化和区域化的不同状态，且可互相转换。在光合磷酸化高能态的散失与偶联程度的研究中，70年代中期他们发现用一些药剂处理叶绿体可提高偶联比例，并且证明这些物质是通过偶联因子催化磷酸化时减少漏能而提高偶联效率的。
　　光合磷酸化高能态的发现及其有关机理的研究获1982年国家自然科学奖二等奖。
　　成立中央十五人专门委员会
　　1962年11月17日，刘少奇在中央政治局会议上宣布，中央决定成立“中央十五人专门委员会”(简称“中央专委”，或“中专委”)，领导原子弹研制工作(后来扩大为抓“两弹”)，由周恩来任主任委员，其他成员为7名副总理和7名部长级干部。1965年2月，中共中央决定中专委除管原子弹外，还要管导弹。并将“中央十五人专门委员会”改称“中央专门委员会”。同年，中专委也管卫星，张劲夫被增补为委员。
　　蛋白质化学修饰研究取得重要成果
　　蛋白质(包括酶)分子结构与功能的关系是分子生物学的核心问题之一，用各种方法改变蛋白质分子中侧链基团的性质，观察对其生物活力的影响是研究这一问题的主要方法。60年代初，生物化学所邹承鲁在研究蛋白质分子侧链基团的化学修饰时发现，这一研究一直停留在定性描述阶段，对大量的实验结果没有人进行定量的数据处理。他从统计学角度考虑，总结和分析了当时已积累的大量实验结果，建立了不同情况下蛋白质分子必需基团的修饰与活性丧失的一系列定量关系。根据这些关系，给出了确定必需基团性质和数目的定量公式和作图法。其论文在《中国科学》第11卷(1962年)发表后，逐渐得到国际学术界的注意和引用，后来又被收入国内外出版的一些教科书和专著。他所建立的公式、方法和作图法分别被称为邹氏公式、邹氏方法和邹氏作图法，成为迄今为止研究蛋白质生物活性与必需基团之间定量关系的最好方法，经受了国内外同行从理论到实验的长期检验。
　　这项工作获1987年国家自然科学一等奖和1989年陈嘉庚生命科学奖。
　　参与制定1963—1972年十年科学规划
　　国家科委和国防科委在聂荣臻主持下检查十二年规划的执行情况后，发现57个主要项目中，有50项已经完成，因此提出要制定一个新的规划，即《1963—1972年十年科学规划》(简称《十年规划》)，确定由国家科委和国防科委分别组织制定。这次规划总的目标，是要赶上60年代世界先进的科学技术水平。国防方面，在继续突破尖端武器的同时，强调了常规武器在补缺配套的基础上，逐步赶上外国同类武器的先进水平；民用方面，强调要使农业、工业现代化，建立自己的先进工业体系，填补重点基础学科、基础技术的空白。
　　中国科学院组织科学家分别参加了国家科委和国防科委两系统的规划工作。而全国基础科学和技术发展规划，则主要是由科学院会同教育部组织900多位科学家，历时五个多月编制出来的。1962年12月，《1963—1972年全国基础科学和技术发展规划(草案)》基本完成，上报国家科委；1963年5月，院向国防科委报送《04单位1963—1972年十年计划轮廓(草案)》和《04单位1964—1972年三年计划(草案)》。全部规划工作约在1963年底完成。
　　承担核试验测量和保障工作任务
　　1962年12月4日，中央专委第三次会议批准二机部的《1963—1964年两年工作计划》，提出争取在1964年或1965年上半年实现中国第一颗原子弹爆炸试验的奋斗目标。12月底，根据委托部门的要求，院党组向有关研究所布置做好承担核试验测量和保障任务的准备工作。全部任务要求在64年6月底前完成。由于任务紧迫，为了争取时间，在国防科委有关部门尚未提出具体要求之前，院就通知有关研究所，立即组织科学家、科技骨干、业务组织管理人员、保卫保密干部成立任务核心组；并立即讨论完成任务的方案和技术措施。调配人力，组建实验室。在国防科委有关部门派人进一步技术交底之后，在双方共同分析讨论的基础上，确定了完成任务的技术途径和方案，明确了十几个研究试制项目及其主要技术指标，几乎承担了核试验的所有测量项目(包括光热幅射参数测量方面8项和力学参数测量方面7项及其它)。院组织了11个研究所紧急安排该项任务。为了加强计划管理，新技术局成立了专门办公室，采取生产调度的方法，随时掌握研制进度，发现问题及时解决。
　　1963年8—9月间，大部分设备研制出初样，9—10月间，在部队进行了一系列化爆模拟试验，1963年底大部分样机接近完成。1964年1月，国防科委主持召开了该项任务“测试设备样机设计定型及小批量生产问题工作会议”。同时，进入正式产品的小批量生产阶段。在“大力协同”的基础上，开展院内、院外大协作，新技术局的专门办公室则加强调度，每周二、五，由主管器材供应的副局长召开指定的器材干部碰头会，及时解决各所器材条件。
　　院各所承担的首批全部测试设备，于1964年6月底前，全部经总装、调试、性能标定，并经鉴定、验收完华，装箱运往试验基地，准备参加中国首次核爆炸试验。
　　中国测时精度达国际先进水平
　　准确的世界时是测定地面经度和方位角所必须的基本依据，经度和方位角的测定是大地测量工作的重要组成部分。1949年前，在中国土地上，只有法国天主教耶稣会在上海徐家汇天文台发播时号，但精度较差。
　　1949年后，除接收徐家汇天文台的授时部分外，并建立了紫金山天文台的天文测时工作。从1959年开始，院上海天文台就用本台和紫金山天文台测时、守时和收时的结果订定及出版中国的综合时号改正数。北京天文台筹备处于1961年参加该项工作。测量与地球物理所(武汉)于1963年参加。数据处理方法是由上海天文台在1958—1959年间经大量试算确定的。以上四个单位的测时、守时(各天文台石英钟平均的短期稳定度和长期稳定度)、收时(各天文台用时号示波器来收录时号)的精确度都比较高，特别是测时精确度居于国际上同型仪器的较高水平。这使中国综合时号改正数的精确度得以保证。
　　1962年12月，用以上四个单位的测时、守时和收时资料，由上海天文台进行订定的中国授时系统，所测定标准时间的精确度，误差已不超过千分之二秒，达到了国际先进水平，被认为是世界上最好的授时系统之一。该项成果1982年获国家自然科学奖二等奖。