陈伯达利用“应地所事件”挑起科学院动乱
　　 1966年6月18日，应用地球物理研究所一部分人以院领导组织麦收劳动阻止群众参加文化革命为由挑起事端，在所内非法撬取保险柜，控制控制通讯设备、交通工具，监控保卫干部，称为“应地所事件”。6月22日，张劲夫向既是科学院副院长、更是中央文革小组组长的陈伯达汇报应地所等单位的运动情况时，陈伯达认定应地所丢了权，责令张劲夫反击，科学院党委立即组织工作组于6月24日进驻应地所，对有关人员王锡鹏等实施行政看管。事后，科学院党委给陈伯达写了报告。此时正值毛泽东回京后批评刘少奇派工作组“镇压群众”，犯了路线错误，陈伯达看到院党委的报告后，于6月28日亲自到应地所。他故意当着群众的面责问科学院党委成员说：“你们为什么抓人？我接到你们的报告，说是根据我的指示进行了反击。我什么时候发过指示？”但他到办公室听取院党委和工作组关于应地所运动情况的汇报时，又重申应地所这些人是反革命。
　　在党的八届十一中全会前夕，陈伯达伙同戚本禹把国家科委的张本和科学院应地所的王锡鹏树为科技界的“造反标兵”。在陈伯达和中央文革小组的笄下，7月30日在人民大会堂召开科学界万人大会，让张本、王锡鹏在会上指控国家科委和中国科学院领导镇压群众、破坏文化大革命。陈伯达当时把手举过头顶鼓掌表示予以支持。“七三O”大会以后，围绕对待科学院党委和“应地所事件”的态度问题，在群众中形成尖锐对立的看法，不久又形成了对立的群众组织，由此进入了旷日持久的文革动乱。
　　对651设计院等单位实行军管
　　“文革”初期，在科研工作的正常秩序受到严重影响的情况下，为保证651任务的正常进行，院党委于9月13日向各有关所发出通知，对651关键性技术问题组织必要的人力进行工作，不可中断，千方百计保证按原计划完成。12月，周恩来、聂荣臻为保证“东方红一号”卫星工程按计划进行，决定对651设计院及有关卫星工程的研究所、厂实行军管。