面向世界科技前沿、面向经济主战场、面向国家重大需求、面向人民生命健康,率先实现科学技术跨越发展,率先建成国家创新人才高地,率先建成国家高水平科技智库,率先建设国际一流科研机构。

——中国科学院办院方针

首页 > 科研进展

北京基因组所等鉴定出尿路上皮癌中具有预后分层的DNA甲基化亚型

2022-08-12 北京基因组研究所
【字体:

语音播报

  尿路上皮癌(UC)是泌尿生殖系统常见的恶性肿瘤之一,包含上尿路上皮癌和膀胱癌,均起源于尿路上皮细胞,但上尿路上皮癌恶性程度更高,诊断时约60%的患者已发生肌层浸润,而膀胱癌患者发生肌层浸润的比例仅15-25%。越来越多的证据表明,DNA甲基化与肿瘤的进展紧密相关。肌层浸润和非肌层浸润的膀胱癌具有不同的DNA甲基化模式,且与临床预后相关。而与膀胱癌相比,上尿路上皮癌的甲基化分析及图谱研究仍然欠缺。另外,上尿路上皮癌和膀胱癌之间DNA甲基化层面的对比将有助于尿路上皮癌的诊断、预测及治疗。中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)慈维敏团队与北京大学第一医院周利群、李学松团队合作,解析上尿路上皮癌和膀胱癌的表观基因组特征和图谱,进一步鉴定出不同的DNA甲基化亚型,探索肿瘤的潜在风险分层,并探究DNA甲基转移酶抑制剂药物在尿路上皮癌细胞系中的疗效及作用靶点。相关研究成果以DNA methylation subtypes guiding prognostic assessment and linking to responses the DNA methyltransferase inhibitor SGI-110 in urothelial carcinoma为题,发表在BMC Medicine上。

  该研究收集了上尿路上皮癌旁组织、上尿路上皮癌和膀胱癌组织共49例。研究整合全基因组甲基化和转录组数据发现,上尿路上皮癌和膀胱癌的DNA甲基化图谱相似,通过对肿瘤的DNA甲基化模块进行非负矩阵分类鉴定出两种与预后相关的亚型(Methy-High和Methy-Low),并通过86例上尿路上皮癌及411例TCGA膀胱癌两个公共数据集进行验证。其中,Methy-High亚型是高甲基化、免疫浸润、耗竭状态的T细胞和免疫抑制微环境,临床预后较差。DNA甲基化亚型是一个新型独立预后指标。研究还发现,DNA甲基转移酶抑制剂SGI-110通过上调多种抗肿瘤免疫通路抑制Methy-High亚型膀胱癌细胞系的迁移和侵袭。

  研究表明,尿路上皮癌具有潜在相似的DNA甲基化机制,这为共同管理尿路上皮癌提供了可能性,为临床研究提供了预后风险分层的分子分型策略,并为临床上使用SGI-110药物治疗尿路上皮癌患者提供了理论机制。

  研究工作得到国家重点研发计划、中科院战略性先导科技专项、国家自然科学基金等的支持。

  论文链接 

尿路上皮癌DNA甲基化图谱及预后分型

打印 责任编辑:侯茜

扫一扫在手机打开当前页

© 1996 - 中国科学院 版权所有 京ICP备05002857号-1 京公网安备110402500047号 网站标识码bm48000002

地址:北京市西城区三里河路52号 邮编:100864

电话: 86 10 68597114(总机) 86 10 68597289(总值班室)

编辑部邮箱:casweb@cashq.ac.cn

  • © 1996 - 中国科学院 版权所有 京ICP备05002857号-1 京公网安备110402500047号 网站标识码bm48000002

    地址:北京市西城区三里河路52号 邮编:100864

    电话: 86 10 68597114(总机) 86 10 68597289(总值班室)

    编辑部邮箱:casweb@cashq.ac.cn

  • © 1996 - 中国科学院 版权所有
    京ICP备05002857号-1
    京公网安备110402500047号
    网站标识码bm48000002

    地址:北京市西城区三里河路52号 邮编:100864
    电话:86 10 68597114(总机)
       86 10 68597289(总值班室)
    编辑部邮箱:casweb@cashq.ac.cn