5月21日，中国科学院生物物理研究所薛愿超课题组在Nature Protocols上，在线发表了研究论文Global in situ profiling of RNA-RNA spatial interactions with RIC-seq。
　　为了捕获细胞内RNA原位高级结构和非编码RNA作用靶标，薛愿超课题组此前开发出RIC-seq（RNA in situ conformation sequencing）新技术（Cai et al., Nature, 2020）。该方法利用甲醛对细胞进行交联以固定RNA-RNA之间的相互作用，在保持细胞完整性的前提下通过RNA原位近端连接技术将空间邻近的RNA片段连接起来形成嵌合体RNA，并创新性地使用pCp-biotin标记和富集嵌合体RNA，能够以更低的假阳性率和测序成本实现单碱基分辨率下全景式解析细胞内各种编码及非编码RNA的空间相互作用。RIC-seq方法在Nature发表后，受到Nature Methods的亮点评论，并获得Nature Reviews Cancer、Nature Reviews in Molecular Cell Biology、JCI等杂志的综述推介和引用。
　　为了方便科研工作者使用RIC-seq技术并拓展其应用范围，薛愿超课题组详细描述了RIC-seq技术的设计原理、开发过程、优缺点、实验步骤及时间、预期结果和问题诊断等。薛愿超课题组展望了RIC-seq的应用场景，包括RNA二级与原位高级结构重建、非编码RNA作用靶标鉴定、增强子-启动子调控网络构建、疾病相关非编码突变致病机理解析、RNA病毒基因组空间构象模拟以及RNA药物开发等。
　　研究工作得到国家重点研发计划、国家自然科学基金和中科院战略性先导科技专项等的资助。
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　　RIC-seq建库和分析流程图