《自然—方法学》
　　新染料助力多色体内成像技术的发展
　　美国国家癌症研究所Martin J. Schnermann和德国亥姆霍兹慕尼黑研究中心Oliver T. Bruns小组合作在研究中取得进展。他们发现九甲胺花青可用于超过1000纳米的多色靶向体内成像。该成果2月28日发表于《自然—方法学》。
　　通过合理的设计，研究人员分别通过邻苯二酚环和芳基环融合在壬二胺骨架上合成了最大吸光度为872和1072纳米的过磺化吲哚菁染料。在几种肿瘤模型中使用单克隆抗体和葡聚糖偶联物进行的多路双色和三色体内成像表明，该染料可同时标记肿瘤、健康周围组织和淋巴管。这些发现得益于定制的近红外/短波红外成像设置和用于多色实时成像软件包的更新。
　　据了解，最近的研究表明，使用1000和2000纳米之间的波长（短波红外或近红外（NIR）-II范围内）可实现传统光学波长无法进行的高分辨率体内成像。已经证明可见光和NIR范围内多路复用可用于成像生物，然而这种共轭探针在成像领域的应用还很稀少。
　　相关论文信息：https://doi.org/10.1038/s41592-022-01394-6
　　《自然—生物技术》
　　科学家编码新型基因组组装算法
　　美国加州大学Pavel A. Pevzne、Anton Bankevich研究组的研究发现多重de Bruijn图可利用长、高保真数据进行基因组组装。这一研究成果2月28日发表于《自然—生物技术》。
　　为了实现长、高保真（HiFi）读取的自动组装，研究人员编写了La Jolla Assembler （LJA）程序，这是一种使用Bloom过滤、de Bruijn散点图和不相交生成的快速算法。LJA将HiFi读取的错误率降低了3个数量级，可用于大基因组和k-mer大小构建de Bruijn图，并将其转换为具有不同k-mer大小的多路de Bruijn图。与最先进的组装器相比，该算法不仅实现错误组装降低5倍，而且还生成了更多的连续组装。研究人员通过完全自动组装人类基因组的六个染色体展示了LJA的实用性。
　　据悉，尽管很多现有基因组组装器都是基于de Bruijn图，但对大型基因组和k-mer大小构建这些图仍然具有挑战性。随着用于人类基因组半手动生成端粒到端粒组装的长HiFi读取的出现，改善这一算法变得尤为紧迫。
　　相关论文信息：https://doi.org/10.1038/s41587-022-01220-6