《自然—遗传学》
　　科学家绘制出220种人类表型交叉群体遗传关联图谱
　　日本大阪大学Yukinori Okada等研究人员合作绘制出220种人类表型的交叉群体遗传关联图谱。相关论文近日在线发表于《自然—遗传学》。
　　为了扩大非欧洲人群的遗传关联图谱，研究人员在日本生物银行（n=179000）进行了220项深表型全基因组关联研究（疾病、生物标志物和药物使用），方法是结合过去的病史和电子医疗记录的文本挖掘。对英国生物库和FinnGen（总数=628000）进行的元分析确定了约5000个新的基因座，提高了人类性状基因组图谱的分辨率。该图谱阐明了以主要组织相容性复合体基因座为代表的多态性景观，并且研究人员进行了HLA精细测绘。
　　最后，研究人员对表征范围内的汇总统计矩阵进行了统计分解，并确定了潜在的遗传成分，从而明确指出了相关的变体和目前不同人群疾病分类的生物机制。分解后的成分使类似疾病（如过敏性疾病）的遗传信息亚类型化成为可能。这项研究为通过遗传学对人类疾病进行无假设的重新调查提供了一条潜在的途径。
　　据悉，目前的全基因组关联研究还没有捕捉到人群和表型范围的足够多样性。
　　相关论文信息：https://doi.org/10.1038/s41588-021-00931-x
　　《自然—医学》
　　患有实体瘤的成年人对新冠疫苗的免疫反应
　　美国亚利桑那大学Deepta Bhattacharya等研究人员合作揭示患有实体瘤的成年人对两剂和三剂BNT162b2 mRNA疫苗的免疫反应。近日，《自然—医学》在线发表了这项成果。
　　研究人员比较了正在接受积极的细胞毒性抗癌治疗的实体瘤患者（n=53）与没有癌症的对照组参与者（n=50）对BNT162b2 mRNA疫苗的免疫反应。在第一次免疫后，67%的癌症患者检测到中和抗体，随后在第二次免疫后，中位滴度增加了3倍。在刺突蛋白特异性血清抗体和T细胞方面也观察到类似模式，但相对于对照组而言，这些反应的程度都有所减弱。在大多数癌症患者中，研究人员检测到刺突受体结合域和其他S1特异性记忆B细胞亚群是对额外免疫反应的潜在预测因素。
　　因此，研究人员为20名癌症队列参与者启动了一项1期试验，即第三剂BNT162b2疫苗（NCT04936997）；主要结果是免疫反应，次要结果是安全性。在第三次免疫接种后1周，16名参与者的中和抗体反应中位数增加了3倍，但T细胞反应未见改善。不良事件是温和的。这些结果表明，第三剂量的BNT162b2，对正在接受化疗的癌症患者可能有免疫上的好处。
　　相关论文信息：https://doi.org/10.1038/s41591-021-01542-z
　　《癌细胞》
　　弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤细胞状态和生态系统
　　美国斯坦福大学Ash A. Alizadeh、Aaron M. Newman等研究人员合作揭示弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤细胞状态和生态系统。日前，《癌细胞》在线发表了这项成果。
　　研究人员开发了EcoTyper—— 一个整合了转录组解构和单细胞RNA测序的机器学习框架，用于描述临床上相关的弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）细胞状态和生态系统。使用这种方法，研究人员确定了恶性B细胞的5种细胞状态，它们在预后关联和分化状态上有所不同。研究人员还确定了组成肿瘤微环境（TME）的其他12个谱系细胞状态的显著变化，并在定型的生态系统中形成细胞状态的相互作用。
　　虽然原发细胞亚型由不同的TME组成，但DLBCL生态系统捕捉到了现有亚型中的临床异质性，并超出了原发细胞和基因型的范畴。这些结果在系统层面解决了DLBCL微环境问题，并确定了治疗靶向的机会。
　　相关论文信息：https://doi.org/10.1016/j.ccell.2021.08.011
　　《免疫》
　　发炎结肠中CD4+ T细胞受体库的改变
　　德国亚琛工业大学Oliver Pabst、Moritz Muschaweck等研究人员合作揭示发炎结肠中CD4+ T细胞受体库的改变。这一研究成果日前在线发表于《免疫》。
　　为明确T细胞受体库和肠道抗原环境的相互关系，研究人员追踪了过继转移的T细胞群。结果表明，主导的TCRα克隆型在产生干扰素—γ和白细胞介素—17的T细胞之间共享，但不包括调节性Foxp3+ T细胞。相同的TCRα克隆型在不同个体的结肠中积累，而抗生素或确定的定植与不同的T细胞克隆型扩张相关。这些结果证明了肠道CD4+ T细胞激活的关键方面，并表明在结肠炎期间，少数微生物物种对肠道T细胞组合发挥了主导作用。
　　研究人员推测，优势的促炎症T细胞克隆可能为人类炎症性肠病提供一个治疗靶标。
　　相关论文信息：https://doi.org/10.1016/j.immuni.2021.08.014