朱光亚作为新中国的原子弹、氢弹科技攻关组织领导者之一，长时期很少抛头露面，以至于在审读他那简短而不平凡的履历时，政协委员们都受到了深深的震动。1994年3月，全国政协出席会议的近两千名委员，有96%投了朱光亚的票，选举他为全国政协副主席。

1996年10月，朱光亚荣获了“何梁何利科学技术成就奖”，奖金为100万元港币。颁奖的头一天，他对身边的同志说，要把全部奖金捐出，作为中国工程科技奖助基金。100万港币对于任何个人来说都不是一个小数字，即使存在银行，当时的年利息少说也有10万，况且他的经济状况并不特别宽裕。

于是，有人试探性地建议他说：您实在要捐出的话，是不是从中拿出一部分，比如说50万，这也不少了。朱光亚听后十分平和地说：“工程科技奖助基金现在有很大一部分是由海外友好人士捐助的，如果我们也能捐献出一点，虽然为数不很多，也算是做一点工作和一份贡献。”

他在捐出了100万元港币后，又反复叮嘱周围的人，这件事千万不要张扬出去。不宣传不张扬自己是朱光亚的一贯风格，更深一层的意思就是他不希望因此给其他人造成压力。

朱光亚是大牌科学家，又担任过国家领导人的职务，但他在中国工程院工作的几年中，始终都把自己当成—名普通工作人员，无论是1996年以前租房办公，还是搬进中国科技会堂新址后，他办公室的条件和几位副院长都是一样的。许多第一次到他办公室的人，都会发出这样的感叹：“如果不是亲眼所见，不能想象朱院长就在这样的条件下办公。”

有一段时间，工程院用房较紧张，他不同意为自己的警卫和司机安排休息的房间，所以他们只好各处打“游击”，有时警卫只好站在走廊里值班。工程院搬进科技会堂后，中国科协领导人曾提出请朱光亚和几位副院长到小餐厅用餐，又被朱光亚等领导谢绝了，他们一定要坚持和大家在一起吃份饭。1998年朱光亚离开中国工程院领导岗位时，他又再三叮嘱秘书等身边工作人员：办公室里所有用公费购买的书籍、资料，一册也不许带走，一定要一件一件整理登记后交上去。

中国古代有立德、立功、立言之说，朱光亚身上所体现出的这种优秀品质，正是现代科学与传统美德的一种最好的结合。钱三强认为他是“有本事的人”，王淦昌夸他“真了不起”；彭桓武评价他“细致安排争好省，全盘计划善沟通，周旋内外现玲珑”；程开甲称赞他“深思熟虑，把握航道”；他的上级领导刘杰、李觉则盛赞他是一位“杰出的科技帅才”。