实施知识创新工程试点以来，在党中央国务院的领导和关怀下，在全国科技界和有关部门的大力支持下，中国科学院广大职工锐意改革，开拓创新，试点工作进展顺利，全院发展态势良好。大部分研究所已具备了持续发展的条件，部分研究所和一些重要领域已具备了创新跨越的可能。

　　(一)凝练科技目标，调整科技布局结构 

　　在知识创新工程启动阶段，中国科学院按照“明确科技创新目标和科技工作重点，尤其要有前瞻性和生长点的合理布局；近几年的科技绩效显著；科技结构、组织结构、队伍结构已经优化或迈出了很大的步伐；体制和机制的改革与转变迈出较大步伐并取得初步成效；有一个富有开拓精神、坚强有力和年轻化的领导班子”等5条标准，根据统一规划、分步实施、重点突破的原则，于1998年率先启动了大连化学物理研究所、理论物理研究所和南京地质古生物研究所等三种不同类型研究所为单元的试点工作，通过所际整合等改革，组建了一批综合性大型科技创新基地，包括上海生命科学研究院、数学与系统科学研究院、国家天文台、北京物质科学研究基地、北京信息科学技术研究发展基地、上海高技术研究发展基地、东北高性能材料与先进制造技术研究发展基地、北京地球科学研究基地、西北资源环境与可持续发展研究基地等，并相继启动了创新基地内有关研究所的试点工作，同时要求其它各研究所按试点标准积极进行改革。

　　进入全面推进阶段以来，中国科学院进一步深化科技布局结构调整。在若干新兴交叉领域新建了一些法人研究机构，与地方和大学共建了若干研究发展机构，加大了对现有研究所发展方向的调整力度，整合了一批研究所，完成了13家事业单位企业化转制。此外，中国科学院还在交叉新兴学科方向新建了一批非法人研究机构，建立了7个区域性技术转移中心。

　　进一步加强了全院的科技规划，按照从国家战略需求和世界科技发展趋势出发确定重点领域和组织重大任务的思路，明确了重点发展信息科技与先进制造、生命科学与技术、物质科学和先进材料、资源环境科学与技术、能源科学与技术、海洋科学与技术、天文与空间科技、数学与系统科学，加强科学技术史及科技政策与发展战略、大科学工程和重大交叉学科前沿研究，并按重大项目、重要方向性项目和领域前沿项目三个层面进行了部署。