体制机制改革取得突破。进行了大力度的用人制度、分配制度、资源配置制度、评价奖励制度和资产管理体制的改革，使创新资源不断向创新能力强、创新效率高的创新单元富集，形成了竞争向上、协同发展的良好局面。

　　队伍代际转移顺利完成。科技创新队伍明显优化，一批青年学术与管理带头人崭露头角，队伍整体素质和创新能力显著提高，结构日趋合理。研究生教育规模迅速发展，质量进一步提升，初步形成了科研教育紧密结合、相互促进的新局面。

　　对外竞争能力显著增强。竞争承担国家科技任务总量大幅提升，与地方、企业、大学等的合作不断深入，在国际科学界的地位与影响显著提高。研究所经济状况显著改善，院宏观调控能力有所增强，资金使用效率有所提高。

　　创新文化建设初见成效。“科学、民主、爱国、奉献”的传统和“两弹一星”精神不断发扬，“唯实、求真、协力、创新”的院风和“依法办院、以德兴院”的理念逐步深入人心，尊重学术自由、追求科学真理、鼓励原始创新、坚持严谨治学、倡导团队协同、崇尚爱国奉献的良好文化氛围正在形成，科技创新环境明显改善，广大科技人员的创新积极性空前高涨，精神面貌焕然一新。

　　重大创新成果不断涌现。取得了一批事关现代化全局的战略高技术创新成果、一批事关经济社会全面协调可持续发展的重大公益性科技创新成果，在重要基础研究领域取得了一批原始科学创新成果。科技产出数量快速提升，质量也呈现出较快提升的势头。

　　科技创新产出数量大幅增加。学术论文产出大幅增长。全院SCI论文从1998年的5860篇上升到2003年的12060篇，增长106%，其中在各学科领域影响因子居前20位刊物发表论文的数量从1998年的171篇增长至2003年的654篇，增长282%。据中国科技信息研究所最新公布的“中国科技论文统计与分析(2002年)”，发表SCI论文排名前20位的研究机构全部为中国科学院研究所，自1999年以来，各年度前20位也几乎都是中国科学院研究所。

　　中国科学院发表的高质量论文占全国(不含港澳台地区，下同)比例过半并呈上升态势。1998年至2003年，全院在Nature和Science上发表论文数达到119篇，占全国50%以上，从1998年占全国的46%上升到2003年的51%，其中封面文章同比由40%上升到67%；中国科学院在各学科领域影响因子居前20位刊物发表论文达2491篇，占全国54%，从1998年占全国的44%上升到2003年的53%。

　　与体量相当的国际一流综合性研究机构德国马普学会(MPG)和法国科研中心(CNRS)相比，中国科学院发表科学论文数增长速度居首，SCI论文总数已超过MPG，从1998年比MPG少1031篇发展到2003年多4109篇。中国科学院发表的高水平论文数量与MPG和CNRS的差距迅速缩小，在各学科领域影响因子居前20位刊物发表的论文数从1998年相当于MPG的20%、CNRS的17%，分别上升到2003年的53%和52%。

　　6年来，中国科学院发明专利、软件著作权登记等知识产权发展迅速。中国科学院发明专利申请与授权量分别由1998年的694项和76项上升到2003年的2617项和1055项，分别增长277%和1388%。中国科学院登记的软件著作权数由1998年的15项，增加到2003年315项，增幅达20倍。

　　持续发展能力不断增强。6年来，中国科学院经费收入保持了较高的增长速度，从1998年的49.4亿元上升到2003年的97.8亿元，年均增长14.6%，其中对外竞争经费从22亿元上升到44.3亿元，年均增长15.0%。

　　1998～2003年，中国科学院承担国家973项目共113项，占全国的37%；主持国家基金重大项目共37项，经费总量1.8亿元，分别占全国的50%和46%；主持国家基金重点项目共302项，经费总量3.9亿元，分别占全国的33%和34%。

　　全院总资产从1998年的156.8亿元增加到2003年的344.9亿元，年均增长17.1%，其中固定资产从79.0亿元增加到127.7亿元，年均增长10.0%。

　　投入产出效率快速提升。1998年至2003年，中国科学院总支出年均增长22%，而同期在各学科领域影响因子居前20位刊物发表论文年均增长速度为31%，发明专利申请量年均增长30%，授权量年均增长69%。