自1998年实施知识创新工程以来，中国科学院学部围绕着国家经济的全面、协调、可持续发展和科技重大战略决策开展咨询评议工作，就国家经济和社会发展中的一系列重大问题向中央提出建议，献计献策。从1998年至2003年，被中央办公厅和国务院办公厅采用的中科院的信息与咨询建议共计有334篇，担当并发挥了国家科学思想库的重要作用。

近些年来，黄河断流问题逐步成为我国北方地区严重的水资源问题。对此，中科院有关单位组织专家学者经过充分调研后，于1998年向国务院提交了《关于缓解黄河断流的对策与建议》的咨询报告，建议对整个黄河实行“国家统管、依法治理”、“重点实行引黄渠灌区节水”、“加快西线调水前期工作与增加黄河流水量调蓄能力”等几方面的措施。时任副总理的温家宝同志做了批示，水利部基本采纳了此建议。

2000年，针对我国华北地区沙尘天气造成的危害越来越严重的现状，中科院向国务院递交了《关于我国华北沙尘天气的成因与治理对策》的咨询报告。报告提出了有效抑制影响京津地区主要沙尘来源的措施、建立和完善沙尘天气动态监测与预警系统等重要建议。温家宝对此做了重要批示。

2000年，中科院向国务院提交了《关于迅速遏制艾滋病在我国蔓延的呼吁》的咨询报告。时任国务院副总理的李岚清同志对此做了重要批示，并在有关会议上多次采用报告内容。

2003年提交的《东南沿海经济快速发展地区环境污染状况调查及其治理对策》咨询报告。在专家学者充分调查研究的基础上，报告提出应将发达地区的环境污染与北方荒漠化引起的沙尘暴、长江黄河上游的水土流失等列为同等重要的环境问题。这个着眼于我国环境问题大局的报告，受到国务委员陈至立的高度重视，她批示科技部结合国家中长期科技发展规划的制定，对此问题进行深入的研究。

为配合国家西部大开发战略，中科院学部咨询委员会组织了“西部地区生态环境建设与可持续发展问题”重大咨询研究项目，通过对我国西部地区有代表性的干旱区、黄土高原、喀斯特地区、青藏高原等关键生态区的调研，先后向国务院报送了7份咨询报告。

据了解，进入知识创新五年来，中科院通过组织院士和专家充分调研，分层次设立咨询课题研究计划，广泛联合科技界及有关部门共同开展咨询工作，陆续完成了40份咨询报告，为中央和地方政府的宏观决策提供了重要的参考意见，受到国务院领导和有关部门的高度重视。