中国科学院由中国科学院学部和中国科学院各直属机构组成，是中国自然科学最高学术机构和全国自然科学与高新技术综合研究与发展中心，是国家在科学技术方面的最高咨询机构。

　　1949年11月1日，在原中央研究院、北平研究院的基础上，汇集了当时中国最优秀的科学家，成立了中国科学院。建院初期，一批在海外学有成就的科学家陆续回国加盟，使中国科学院成为汇集全国自然科学和社会科学各领域最高水平学科带头人的科学研究中心。同时根据《中国人民政治协商会议共同纲领》和《中华人民共和国中央人民政府组织法》，作为国家最高科学机关，在政务院领导下，行使管理全国科技研究事业的政府行政职能。

　　1955年中国科学院学部成立，设置了物理学数学化学部、生物学地学部、技术科学部和哲学社会科学部。学部根据国家建设需要和国际科学发展趋势，组织召开全国性学术会议，评定科学奖金，尤其是在制定《1956至1967年科学技术发展远景规划》(即十二年规划)中发挥了重要作用。

　　为了最迅速最有效地实施十二年规划，周恩来总理明确提出了 “以极大的力量加强中国科学院，使它成为领导全国提高科学水平、培养新生力量的火车头”。在十二年规划的推动和指导下，中国科学院相继组建了包括半导体、计算机、自动化和电子学在内的一批高新技术研究机构，奠定了我国高技术发展的基础，为我国高技术及其产业的发展，为我国国防科技的发展做出了历史性的贡献。

　　在“文革”浩劫中，中国科学院的科研机构、队伍和制度遭到全面破坏。粉碎“四人帮”后，中央召开了全国科学大会，迎来了“科学的春天”。中国科学院率先恢复了正常的科研秩序，建立和恢复了学术委员会制度和科技人员技术职称晋升制度，率先恢复了研究生制度并成立了我国第一家研究生院等，对我国科技界的拨乱反正起到了重要作用。改革开放以来，中国科学院锐意改革，率先设立了面向全国的科学基金，率先建立了开放研究实验室，率先实行了所长负责制，率先试行了博士后制度，创办了一批高新技术企业并发展出“联想”等较大规模的企业集团，在我国科技体制改革中起到了先导和示范作用。

　　经过近50年的艰苦创业和不断发展，到1997年，中国科学院形成了自然科学和高新技术领域学科门类比较齐全的科技布局，拥有120余家直属研究机构，分布在全国22个省市自治区，在职职工5万余人。通过整建制转移和人才转移等方式，支持成立了中国社会科学院、中国工程院、国家自然科学基金委员会等国家学术机构和一大批国立研究机构。取得了包括“两弹一星”研究、人工合成牛胰岛素和酵母丙氨酸转移核糖核酸、陆相生油理论、合成橡胶、哥德巴赫猜想、哈密尔顿系统的辛几何算法、数学定理机器证明等许多具有国际先进水平的科研成果，为我国计算机与信息、激光、能源、材料、化工、资源、环境、农业、医药、空间与国防等方面的科技创新做出了重大贡献，为我国自然科学各学科的发展奠定了基础。

　　1997年下半年，中国科学院组织力量研究我国面向21世纪、面向知识经济时代的战略问题，向中央提出了《迎接知识经济时代，建设国家创新体系》的研究报告。该报告系统分析了世界知识经济发展态势及其对我国的挑战，提出了建设面向21世纪的我国国家创新体系的思路与新时期中国科学院的战略选择，建议国家组织实施“知识创新工程”。

　　1998年2月4日，江泽民同志在报告上做出重要批示：“知识经济、创新意识对于我们二十一世纪的发展至关重要。科学院提出了一些设想，又有一支队伍，我认为可以支持他们搞些试点，先走一步。真正搞出我们自己的创新体系”。1998年6月9日，朱镕基同志主持召开国家科技教育领导小组第一次会议，审议并原则通过了中国科学院《关于“知识创新工程”试点的汇报提纲》，决定中国科学院知识创新工程试点工作分三个阶段实施，1998—2000年为启动阶段，基本完成8个知识创新基地建设试点工作，努力把试点单位建设成为代表我国科学水平的、面向21世纪的国家知识创新基地； 2001—2005年为全面推进阶段，全面展开80个左右研究所的试点工作，形成国家科研机构新体制和现代科研院所制度；2006—2010年为优化完善阶段，实现知识创新工程试点的总体目标，大幅度提高创新能力。