随着各类生物数据的加速增长，运用理论模型和数值计算研究生命科学的计算生物学和生物信息学已经成为最吸引人的新兴学科，是当今生命科学和自然科学的核心领域和最具活力的前沿领域之一。根据国际科技发展趋势和中国计算生物学的现状，中科院与德国马普学会于2004年5月共同签署了合作建设计算生物学伙伴研究所的合作意向书。2005年10月13日，中科院上海生命科学研究院计算生物学研究所(中科院马普学会计算生物学伙伴研究所)正式揭牌。该所作为中国科学院下属的非法人研究单元，纳入中国科学院上海生命科学研究院管理序列。

研究所目前拥有一套亚洲第三、中国第一的生物集群系统。中德双方组成的联合学术委员会遴选出的所长Andreas Dress教授和金力教授已于2005年10月正式到岗工作，还吸引了来自马普数学所的三位课题组长和一位美国的青年科学家，研究所还将在全球招聘更多的优秀科学家一起工作,使之成为中国与国际计算生物学界进行高层次学术交流的窗口和基地。

研究所将吸收德国马普学会的优秀文化传统和科学精神，引进马普研究所成功的管理体系和运作机制，同时结合我国国情和发展的需要，在未来5—10年内努力达到下列目标： (1)建成国际一流的计算生物学研究所，成为中国生命科学具有高度学术声誉和浓厚学术气氛的基础性研究中心。(2)建成国际一流的生物医学计算中心。与上海药物所、医科大学及相关医疗机构密切合作，利用计算机系统工具，开展药物开发、治疗反应数据的收集及分析等方面的研究工作。(3)将计算生物学研究所建成一流的计算机系统应用及其相关技术的研发中心。采取灵活的管理体制，加强与医药科技公司、软件开发企业的合作，共同支持具有重大应用前景的新研究领域和具有自主知识产权产品的研究和开发。(4)建立一支从事计算生物学研究的高水平、多学科、多层次的人才队伍。成为中国一流的计算生物学高级人才的培养基地。(5)成为中国与国际计算生物学界进行高层次学术交流的窗口和基地，成为国际合作的典范，开创新型的、与国际接轨的、基础与应用研究相结合的国际化新兴学科研究所运作模式。(计算生物学研究所 供 稿)