发达国家的国家创新系统从一开始就重视创新各要素之间的相互作用，强调它是一个相互联系的网络；几年之后，美国进一步把国家创新系统视作是一个动态的复杂自适应系统，强调它的自组织、自适应特征；2004年，美国竞争力委员会发布《创新美国》的报告，展现了对美国未来创新发展的战略谋划。从中看出，发达国家始终重视从国家层面上深入探索创新系统，使创新的道路越来越摆脱机械观、分割观的影响，从而不断向整体观和有机观的方向深入发展。

从创新战略的视角来审视中国国家创新系统的实践，我们看到了一种与之相反的倾向。中国科学院的知识创新工程虽已取得很好的经验，因直至现在国家层面还没有提出关于CNIS的演化发展模式，故仍未能从“试点”转向整体性国家创新系统的实施，但一些单位已开始效仿中科院七年前的做法，制定自己的创新体系，如中国社科院已于2005年提出“建设中国社会科学院哲学社会科学创新体系”的纲领，重点实施六项工程。依此趋势看，教育部、中国农科院、中国医科院、中国军科院，中国……也许都将有各部门的创新工程。这种做法与上述发达国家恰好相反，我们正在从整体观、有机观走向机械观与分割观，这也与国家创新系统的本意背道而驰。

国家创新系统应当是整合国家的创新力量，使各创新要素间联系更加紧密。所以，应该是逐步走向整合，而不应脱离国家整体而自行独立构建创新体系。故在此呼吁，应尽快建立中国国家创新系统的具体实施方案，否则各部门各行其事，很可能使“创新”蜕变为“创薪”，最终损害的是国家整体利益!