自第三世界科学院成立以来，我国与TWAS一直保持密切的合作关系，开展了广泛的合作，我国科学家为第三世界的科技发展做出了积极的贡献。

1987年，在中科院协助下，第三世界科学院第二届院士大会在北京隆重举行，当时的党和国家领导人邓小平和李先念同志等分别会见了第三世界科学院第一任院长萨拉姆教授。

2001年3月22日，国家主席江泽民应第三世界科学院的请求，欣然命笔，为第三世界科学院题写赞词，再次表明了中国政府对第三世界科学技术发展的关心和支持，对推动第三世界国家科技发展起到了积极的作用和产生了深远的影响。

我国现有TWAS院士86名，来自国内各研究院所和大学。其中京区55人，京外31人，中国科学院院士74人，中国工程院院士2人。我国有17名科学家和2个研究所荣获第三世界科学院基础和应用科学奖。

为推动第三世界国家间的科技交流和人才培训，从1987年开始，财政部每年拨专款200万元人民币给中国科学院，用于南南合作，称作“中国科学院南南合作基金”。迄今，我国已接受500多位第三世界国家科学家来华从事合作研究，与TWAS和世界气象组织共同发起国际气候论坛，联合培养博士生项目，资助4000多名第三世界科学家来华参加各类国际学术会议和培训班等活动。

通过这些活动，加深了发展中国家科学家对中国的了解，增加了科学家之间的友谊，同时与第三世界国家开展科技交流与合作的实践，推动了第三世界国家之间政治、经济、文化等多方面的合作，充分证明了这种交流合作的重要性和必要性。