5月12日，我国四川汶川等地发生8.0级强烈地震。地处都江堰市的植物所华西亚高山植物园也遭受重创，房屋垮塌，两名职工遇难。看到电视报道中受灾地区惨烈场面，特别是得到华西植物园两名职工遇难的消息，全所职工和研究生的心情无比焦急，无比沉痛。

地震发生3小时后即与华西园取得联系，随时向中科院值班室汇报情况。第二天凌晨5点，马克平同志即通过电子信箱对抗震救灾工作提出工作意见，要求各部门迅速查清外出人员情况。14日党委向全所发出救灾募捐紧急通知。15日成都机场一开放，马克平所长和洪亮所长助理就赴都江堰对华西园职工和遇难者亲属表示深切的慰问，并带去救灾应急款。

党委向全所发出救灾募捐紧急通知后，在各党支部的积极组织下，全所职工迅速行动，积极为华西植物园和灾区人民捐款，出现了一幕幕感人的画面。许多离退休老同志纷纷打电话询问华西植物园受灾情况，虽然他们的离退休费并不多，但都慷慨解囊，不顾年老体弱，将捐款及时送到所里。中园汽修厂捐助华西植物园10000元；文献信息中心期刊编辑室将2007年荣获中国科学院京区“巾帼建功”先进集体的2000元奖金全部捐献给四川灾区人民。5月20日，陈彬和金冬梅两位同志刚从浙江野外试验地回所，得知捐款的消息后，21日即到银行取出2500元送到综合办。洪亮同志的女儿洪熹在国外读书，听说国内发生强烈地震后十分难过，委托洪亮为灾区人民捐款1000元，表达了一个海外学子的爱国之心；在植物所合作研究的法国学者Frederic Jacques也积极捐款；许多与植物所有工作联系的单位和个人也献出了他们的爱心。地理所刘纪远先生主持的“国家生态恢复重建的综合监测评估关键技术研发”项目组为华西园遇难者家属捐赠2800元；香格里拉植物园给华西植物园捐赠10000元；北京花木公司的于学斌所长等3人去年曾在华西园从事野外工作，得知到了冯正波同志的热心帮助，得知冯正波遇难的消息，专程送4200元善款给综合办，嘱托转交给华西园领导和冯正波的家属；Sino-Eco(海外生态学者联合会)得到消息后，表示将为华西园两位遇难者的家属各捐赠1000美元；英国爱丁堡皇家植物园的David Paterson先生向华西园遇难人员表示沉痛哀悼，向遇难者亲属表示深切同情和慰问。

一方有难，八方支援，灾难无情人有情!涓涓细流汇成爱的海洋!我们相信，有上级组织的正确领导，有同行朋友们的热情支持，有全所职工的通力合作，华西植物园一定能建设的更美好。

截至5月22日，共收到为四川灾区人民的捐款18016.20元，此款已于5月21日上午通过邮局汇至中国红十字会总会。

截至5月22日，为华西植物园捐款18000元。后经5月20日工会常委会、研究生会和部分党支部书记会议协商，将职工和研究生在所内捐赠的85，720元全部捐赠给两位遇难者家属(其中包括地理所“国家生态恢复重建的综合监测评估关键技术研发”项目组捐赠的2800元)。