5月19日，武汉物数所下半旗向5.12汶川大地震遇难同胞致哀。下午14时28分，武汉物数所全体在职职工、学生、离退休老同志在所大楼前集体默哀三分钟，悼念灾区遇难同胞。

汶川大地震发生之后，武汉物数所党委迅速响应号召，在所内积极组织抗震救灾活动。自14日发起捐款，到5月16日，武汉物数所已募得抗震救灾资金近11万元；到5月19日，依然有许多人还在陆续向所党委交付捐款。武汉物数所团委还拟于近期发起针对北川灾区希望小学的募捐。