清华大学院系调整时，石油管理总局和清华大学协商决定停办燃料研究室，把专职科研人员调往中国科学院大连工业化学研究所。大连工业化学研究所的前身是日本人留下的一个研究机构(原属南满铁路株式会社)，据说曾是东亚条件最好的炼油科研所。解放后，中国科学院起初在沈阳成立了一个东北研究所，并在日本人留下的这个科研所基础上成立了大连分所。不久，东北研究所和大连分所分别改名叫作中国科学院东北分院、大连工业化学研究所。。所长叫张大煜(中国科学院成立学部时，他也是首批学部委员)，抗战时在云南搞过煤炼油，他对炼油科研很有兴趣，曾向中国科学院反映，要求在大连所搞炼油科技研究。中国科学院同意了他的意见，确立了大连所搞炼油科技研究的方向。

侯祥麟当时是属于燃料工业部的，应当去大连，但当时民盟清华区分部的工作侯祥麟刚接手不久，他们不想让他走，他也很想进一步把这项工作做好，曾想能不能不去大连呢。后来石油管理总局副局长刘放对我说，这是组织调动。侯祥麟也就没有二话，去了大连。侯祥麟是作为燃料工业部派出的代表，负责组织大连工业化学研究所的炼油科研工作。

那时的大连工业化学研究所人才济济。石油管理总局把科技人才储备在那里，在科研工作中进行培养和锻炼，为将来燃料工业部建立自己的科研机构打下了基础。

当时中国科学院鼓励搞科研成果工业化应用的研究，长春应用化学研究所和大连工业化学研究所都搞出一些在工业上得到应用的成果。中国科学院东北分院院长、物理学家严济慈对两所的工作很欣赏，曾于1953年下半年组织人员总结两所的经验，探讨科学研究工作如何密切联系生产实际和怎样实现科研成果工业化转化。

1954年初，侯祥麟从大连到北京，途径沈阳，去看严济慈，严济慈告诉他，科学院现在正大力提倡搞基础研究，不再把主要力量放在工业化应用的科研方面，关于两所的经验总结也不搞了。这件事完全出乎意料，侯祥麟一听，感到事情麻烦了，心中不断自问“我们的石油科学研究工作怎么办？”回到北京，侯祥麟见到了李人俊、李范一两位部长，向他们反映了这个事。侯祥麟告诉他们，中国科学院不愿意搞工业化研究了，我们得考虑炼油科研工作怎么办？本来，李人俊对和中国科学院合作是最积极的，他也没有想到，现实看来还得尽快成立自己的科研机构。