侯祥麟加入共产党不久，就接到上级有关指示，号召共产党员参加军队，既可以到国民党军队去工作，也可以参加新四军。在听说中学同学陈冠荣在汉口国民党军政部防毒处做教官，侯祥麟就到武汉找他。经陈冠荣介绍，侯祥麟找到了当时身兼三职的李忍涛，他同意侯祥麟到学兵队干部培训班当化学教官，军衔是同上尉，负责讲授毒气的成分和制造原理。

干部培训班1938年招收的学生大多来自沦陷区，其中有不少是高中毕业生。他们虽然失去了家园，背井离乡，却满腔热情，一心要抗日救国。培训班管理很严格，他们几乎没有机会接触社会的其他方面。那时侯祥麟刚入党，热情激进，经常买些进步书籍，偷偷借给一些学生看。

1938年，日军从汉口南下，意欲占领整个华南。飞机经常轰炸长沙，国民党认为日军不日将攻克长沙，驻长沙守军弃城之前奉命在长沙市区到处纵火，把主要街道全部烧毁，江南重镇长沙顷刻之间满目焦土，一片废墟。

在这之前，学兵队已经接到命令准备往四川迁移，侯祥麟到长沙向军委汇报，办好把关系转到四川的手续。学兵队的部队先行出发，经湘西入川，干训班的学员也随之出发。侯祥麟等一些教官搭乘运输车，第一站是贵州镇远县，在那里等候另一班车去四川。一个多月后，才搭上便车进川。

1939年初到达重庆，当天中午侯祥麟正在青年会吃饭，遇敌机轰炸，周围掉下好多炸弹。后来得知，学兵队在重庆的办事处被炸，办事处主任遇难，还炸伤了一些人。当时学兵队总部已到达泸州，侯祥麟一行随即赶赴泸州，到达第二天敌机又来轰炸，侯祥麟一行的营地也中了弹。总部一个女卫生员被弹片击中，被救起时，她已经断气，弹片穿透了她的胸膛。

泸州被炸后，李忍涛觉得不安全，决定把学兵处迁到附近的纳谿县。干训班的教官们单独住在一个大院子里，编号为独立大队，除了上课，平时跟学员接触很少。教官队伍也有不小变化，有的老教官走了，一些年轻人又补充进来。我们的住处离县城有一段距离，生活比较封闭。大家经常在一起唱抗战歌曲，夏天就到河里游泳，游几公里就到了长江边。