以人为本的原则：坚持人才是第一资源的思想，有效激励科学家个人的工作热情、求知欲望和创造潜能。奖励做出重大科技成果的优秀集体，鼓励和倡导科研团队协作攻关的精神。

注重原创的原则：必须始终坚持激励科技人员在基础研究和应用基础研究中，做出世界第一的原创性科技成就；在满足国家战略需求的科技工作中，做出拥有自主知识产权的高技术创新与集成系统和高技术产业化的科技成就，为国民经济的可持续发展做出应有的贡献；在基础性、公益性科技活动中，做出拥有自主知识产权的重大贡献并产生显著社会效益的科技成就。

分类评价的原则：对于基础研究和应用基础研究，主要是以重大科学发现和重大技术发明及其影响等指标为主；高技术研究与产业化主要以对国家社会经济的推动作用、以对国家GDP的增长贡献和经济或社会效益等指标进行评价；社会公益研究以对科技进步的推动作用和社会效益影响等指标进行评价。针对的不同的研究工作，建立不同的评价体系，有利于提升各类科技人员持续创新能力。