2009年是新中国成立60周年，也是中国科学院建院60周年。60年来，我国取得了举世瞩目的伟大成就，谱写了自强不息的壮丽凯歌。中科院与祖国同行，与科学共进，充分发挥了中国科学技术“火车头”的作用，得到中央领导同志的高度评价，得到社会各界的充分肯定。
2009年也是不平凡的一年。我国经济社会发展经历了历史罕见的国际金融危机严重冲击，是新世纪以来最为困难的一年。党中央、国务院全面分析、准确判断、果断决策、从容应对，我国经济回升向好趋势不断巩固，经济社会发展取得显著成效。中科院深入学习实践科学发展观，在积极应对国际金融危机冲击，支持保稳定、保增长、保民生的同时，科学前瞻、谋划发展，求真务实、开拓创新，深化改革、扩大开放，科技创新工作结出累累硕果，各项事业又好又快发展。
发布《创新2050：科学技术与中国的未来》系列研究报告
在院党组直接领导下，集中中科院高水平专家智慧、历时近2年的重要领域科技发展路线图战略研究工作高质量完成。路甬祥院长领导战略总体组和起草组完成了《迎接新科技革命挑战，支持科学与持续发展》总报告，上报中央，得到了高度重视。在此框架下，18个领域专题研究组分别形成了各领域至2050年我国科技发展路线图战略研究报告。研究成果以《创新2050：科学技术与中国的未来》系列战略研究报告形式向国内外公开发布，得到国家有关部门、社会各界和国际科技界的高度关注和积极评价。
研究制定《知识创新工程2020：科技创新跨越方案》，启动“十二五”规划工作
为深入推进知识创新工程，从2009年初开始着手研究制定《知识创新工程2020：科技创新跨越方案》（简称“创新2020”）。方案充分吸纳了“创新2050”路线图研究成果，充分吸纳了各科技创新基地和研究所战略研究成果，充分吸纳了全院各研究所改革发展的实践经验，明确了中科院未来10年的发展旗帜、发展战略、发展目标、战略重点和重大改革举措，是中科院发展的宏伟蓝图和行动纲领。
“十二五”规划研究制定工作全面推进。按照院“十二五”规划编制工作的总体部署，依据“创新2020”，形成院“十二五”发展规划纲要框架稿，并广泛征求全院各单位的意见，冬季党组扩大会议审议了规划纲要框架稿。
系统回顾总结建院60年发展历程和经验
在建院60周年之际，胡锦涛总书记发来贺信。温家宝总理视察了建院60年展览，听取了中科院知识创新工程进展和未来10年发展战略构想的汇报，向首都科技界发表了题为《让科技引领中国可持续发展》的重要讲话。在建院60周年纪念会上，刘延东国务委员发表了重要讲话；路甬祥院长系统回顾总结了中科院60年的光辉历程和成功经验，高度凝练和概括了“科学院精神”，展望了未来发展的美好前景。
中央领导同志的贺信和重要讲话，充分肯定了中科院60年来为国家经济建设、社会发展和科技进步所作出的重大贡献，对中科院提出了新的更高要求，指明了前进的方向。全院各单位组织了多种形式的建院60周年纪念活动，共同回顾几代科学院人服务国家、造福人民，艰苦创业、奋发图强，自主创新、跨越发展的光辉历程，共同总结60年不懈探索取得的宝贵经验，共同展望科技支撑国家现代化建设、惠及人民大众的未来图景。
组织实施“应对金融危机、支撑经济发展科技创新专项行动计划”
按照党中央国务院的部署，围绕“保增长、扩内需、调结构”的迫切需求，急国家之所急，想国家之所想，启动了煤的新一代高效洁净综合利用示范工程、“保面积、增单产”农业示范工程、西部生态建设综合示范工程与监测评估、生物技术创新与生物产业促进计划、太阳能行动计划等一批科技示范工程。
组织实施科技成果转移转化和推广项目，共计1200余项。如建成新一代纳米打印制版技术中试生产线，长链二元酸产业化项目一期投产试车，实现百万台级普及适用计算机应用与推广，建成千吨级离子液体催化合成三聚甲醛中试线和5000吨/年CO2基可降解塑料生产线，开发了稀土顺丁橡胶生产新工艺并在3.5万吨/年装置上投料试车成功，研制出绿色化学农药“新型高效油菜田除草剂”并获得国家农药登记。
围绕区域和企业应对危机需求开展科技合作。摸清受金融危机影响较大的主要经济功能区的产业技术发展与结构调整需求，制定了广东省等3个区域科技合作发展规划纲要，与厦门、南京等地方共建9个产业技术创新与育成中心。组织600余个研发团队与企业结成对口战略联盟。近2400台大型仪器设备为企业提供免费测试分析服务，总机时数超过3.8万小时，受益企业超过400家。联想学院在创新创业人才培训和促进成果转移转化方面初见成效，培训200余名转移转化人才，免费为长三角、珠三角培训180余名创新型中小企业CEO。
深化改革，推进矩阵式网格化管理模式建设
扎实推进科技创新基地建设。建立和完善持续开展战略研究的机制，提升谋划能力。全年部署了“石油开采中的若干关键科学问题与技术应用示范”等4个重大项目和一批重要研究方向。
组织和引导全院科技人员积极建议和承担国家重大科技任务。2009年，中科院承担了16个重大专项的相关任务，并成为大部分专项的主要承担单位之一；作为第一承担单位或第一依托部门，承担了国家重大科学研究计划项目17项，“973”计划项目23项，“863”计划课题157项，国家自然科学基金各类项目近2600项，还承担了一批国家安全、科技基础性工作专项、国家科技支撑计划、国家高技术产业化项目等科技任务。
扎实推进研究所体制机制改革。综合配套改革试点研究所围绕试点目标任务，结合院出台的人力资源管理与经济资源配置的有关试点政策，实行适合本所特点的改革发展举措。全院各研究所积极推进体制机制改革，特别是新建研究所在筹建过程中积极探索新的体制与管理机制。
全面实施人才培养引进系统工程
立足创新实践，培养和凝聚高层次人才。2009年，院属机构共有14人当选为中国科学院院士，3人当选为中国工程院院士，56人获得“国家杰出青年科学基金”，9个创新团队获国家自然科学基金创新群体。
着眼未来发展，加强优秀青年人才培养。通过院级有关青年人才支持专项，择优支持优秀青年人才398人。通过“外籍青年科学家计划”和与基金委联合支持等方式，资助55名外籍青年学者来中科院工作。各研究所采取多种措施，为青年人才成长创造机会。
扎实推进院地合作
新建研究所工作成效显著。高质量完成苏州纳米技术与纳米仿生研究所、城市环境研究所、烟台海岸带可持续发展研究所、青岛生物能源与过程研究所、深圳先进技术研究院等5个新建研究所筹建工作，与地方政府共同组织了验收，正式纳入院直属研究机构管理序列。与有关省市合作，扎实推进上海高等研究院、天津工业生物技术研究所、苏州生物医学技术工程研究所等3个共建研究所的筹建工作，启动宁波材料技术与工程研究所二期建设。
加强高层会商深化合作。与有关省市自治区领导共同总结院地合作成效与经验，明确合作重点，签署了18项合作协议并狠抓落实。“西部科技专项工程”、“东北振兴科技行动计划”成效显著，“支持天津滨海新区建设科技行动计划”全面推进；启动“三峡创新工程”、“浙江432工程”和与贵州省战略合作；围绕区域产业技术共性需求，推进技术转移转化平台建设，新获批8个国家技术转移转化示范机构；向全国18个省市共派出44名科技副职。
加强与重点区域合作。在北京怀柔科教产业园建设方面，加快推进研究生院怀柔校区建设，钱学森国家工程科学实验基地、国家重大工程项目研发基地等一批项目开工建设。在上海浦东科技园建设方面，加快上海高等研究院筹建，成立电动汽车研发中心，部署新药创制平台、新技术基地以及国家蛋白质科学研究南方设施等一期建设项目，启动上海65米射电望远镜系统建设。在广东科技新高地建设方面，以落实院省全面战略合作规划纲要为抓手，加快建设散裂中子源，建立“佛山技术创新与育成中心”，设立省院合作专项资金并组织实施188个项目，向广东派遣200多名科技特派员等。继续扎实推进与江苏、浙江、山东等重点区域的合作。
院所投资企业社会化改革取得新进展，顺利完成联想控股部分国有股权转让，73%的研究所投资企业完成社会化改革。2009年，通过科技成果转移转化，使地方企业新增销售收入1404亿元，同比增长46％，利税217亿元，同比增长60％；院所投资企业预计实现销售收入约1612亿元，利润总额约48亿元。
学部工作取得新进展
完成院士增选工作，新增35名院士和6名外籍院士。组织跨学部、多学科交叉的院士专家队伍，开展科技体制与政策、基础研究与产业发展、科技平台建设、全球气候变化等重大咨询课题研究，上报国务院咨询报告20份。与国家自然科学基金委合作，开展“2011—2020年我国学科发展战略研究”。
组织院士专家先后前往江苏、浙江、广东、新疆等省区，为地方政府和企业提供咨询服务。在全国20个省市自治区组织“科学与中国”院士专家巡讲团报告会80场。深化“两刊”改革，将《中国科学》与《自然科学进展》杂志整合成新的《中国科学》。
加强党的建设，认真落实学习实践科学发展观整改方案
按照中央要求，院党组认真落实整改方案，不断巩固和扩大学习实践科学发展观活动的成果。遵循实事求是、突出重点、尽力而为、量力而行的要求，找出制约中科院科学发展的关键问题和群众关心的热点问题，制定95条相应的整改措施，每项均由主管院领导牵头，相关部门负责，明确整改时限。目前，各项整改措施正按照要求顺利实施，42项有明确时间期限的任务已按时完成或提前完成，53项需要长期坚持的工作也制定计划并认真实施，一些工作取得突破性进展。高度重视解决群众反映和关心的热点问题。
加强领导班子建设。重视理论武装，强化干部培训，提升运用科学发展观指导科技创新、解决实际问题的能力，265人次参加所局级干部培训。进一步完善领导干部管理制度，规范干部选拔任用程序，制定与完善所级领导干部管理办法。完成43个院属机构行政领导班子换届和届中考核、28个院属单位党委换届、5个新建研究所党政领导班子配备。加强后备干部建设，配合中组部完成中科院省部级后备干部集中调整工作，完成院机关各部门、院属单位所局级后备干部的民主推荐和选拔工作。
认真组织广大党员干部深入学习中国特色社会主义理论体系和党的十七大、十七届四中全会精神，进一步教育引导广大党员干部提高政治素质，坚定理想信念。着力加强基层党组织建设，重点抓好党委书记及后备干部队伍建设，进一步加大在科技骨干中发展党员工作的力度。扎实开展“党员永葆先进性”主题教育活动和“我为创新做贡献”主题实践活动。全面推动党务公开，开展党建工作专题调研和经验交流，加强新时期科研院所党建理论与实践研究。召开离退休干部党支部建设经验交流暨“双先”表彰大会和研究生党建工作研讨会。召开党风廉政建设工作会议，推进惩治和预防腐败体系建设。建立党风廉政责任制，与分院、局、所主要党政领导签订党风廉政建设责任书。加强科研课题经费使用、基本建设工程、新建研究机构等重点领域的监督管理。进一步健全完善巡视工作，全年共巡视24个单位。
科技创新结出丰硕成果
基础前沿研究取得重要进展。如：在世界上首次证明iPS细胞的全能性，被美国《时代周刊》评为2009年10大医学突破之一。战略高技术取得重要突破。如：传感网、物联网关键技术研发和示范性应用取得突破，带动了信息技术产业与信息化的新一轮发展。重大公益性研究成效显著。如：国家一类抗菌新药盐酸安妥沙星获新药证书。在国家和人民需要的关键时刻，挺身而出，提供有力的科技支撑。如：由上海微系统所、微电子所、新疆理化所组成的“宽带无线应急通信团队”，在我国有关地区维稳工作中发挥了重要作用。大科学装置建设取得显著进展。大天区面积多目标光纤光谱天文望远镜、北京正负电子对撞机重大改造工程、中国西南野生生物种质资源库顺利通过国家验收，高质量完成上海光源建设并全面投入使用等。
2009年，中科院作为第一完成单位获得国家科技奖29项。自然科学奖13项，占全国的46%，其中《中国植物志》获一等奖；科技进步奖二等奖14项；技术发明奖二等奖2项。
各项事业又好又快发展
国际合作不断拓展。深化国际合作战略伙伴关系，全年举办350个国际会议。国际科学理事会将科学减灾与研究国际计划办公室设在中科院。积极策划组织重大国际合作项目，启动了以我为主的“国际空间天气子午圈计划”、“第三极环境国际计划”等国际科学研究计划。积极建议并承担国家有关部门国际合作重大项目和引智项目。
推进科教基础设施建设。支撑体系建设快速推进，启动10个大型仪器区域中心建设，择优支持29个所级公共技术服务中心，建立全院“大型仪器共享管理系统”，推进通用大型仪器共享。科研信息化建设深入开展，进一步提升中科院信息化基础设施能力，坚持需求牵引，推进各领域、各创新基地的e-Science应用示范，进一步优化提升ARP系统运行和服务质量。基本建设取得重要进展，“十一五”建设项目基本完成国家立项审批，82%的项目已进入建设阶段；认真贯彻落实中央有关“治理工程建设领域突出问题”的各项规定，工程管理和建设更加有效和规范。
