加强高层会商深化合作。与有关省市自治区领导共同总结院地合作成效与经验，明确合作重点，签署了18项合作协议并狠抓落实。“西部科技专项工程”、“东北振兴科技行动计划”成效显著，“支持天津滨海新区建设科技行动计划”全面推进；启动“三峡创新工程”、“浙江432工程”和与贵州省战略合作；围绕区域产业技术共性需求，推进技术转移转化平台建设，新获批8个国家技术转移转化示范机构；向全国18个省市共派出44名科技副职。

加强与重点区域合作。在北京怀柔科教产业园建设方面，加快推进研究生院怀柔校区建设，钱学森国家工程科学实验基地、国家重大工程项目研发基地等一批项目开工建设。在上海浦东科技园建设方面，加快上海高等研究院筹建，成立电动汽车研发中心，部署新药创制平台、新技术基地以及国家蛋白质科学研究南方设施等一期建设项目，启动上海65米射电望远镜系统建设。在广东科技新高地建设方面，以落实院省全面战略合作规划纲要为抓手，加快建设散裂中子源，建立“佛山技术创新与育成中心”，设立省院合作专项资金并组织实施188个项目，向广东派遣200多名科技特派员等。继续扎实推进与江苏、浙江、山东等重点区域的合作。

院所投资企业社会化改革取得新进展，顺利完成联想控股部分国有股权转让，73%的研究所投资企业完成社会化改革。2009年，通过科技成果转移转化，使地方企业新增销售收入1404亿元，同比增长46％，利税217亿元，同比增长60％；院所投资企业预计实现销售收入约1612亿元，利润总额约48亿元。