组织和引导全院科技人员积极建议和承担国家重大科技任务。2009年，中科院承担了16个重大专项的相关任务，并成为大部分专项的主要承担单位之一；作为第一承担单位或第一依托部门，承担了国家重大科学研究计划项目17项，“973”计划项目23项，“863”计划课题157项，国家自然科学基金各类项目近2600项，还承担了一批国家安全、科技基础性工作专项、国家科技支撑计划、国家高技术产业化项目等科技任务。

扎实推进研究所体制机制改革。综合配套改革试点研究所围绕试点目标任务，结合院出台的人力资源管理与经济资源配置的有关试点政策，实行适合本所特点的改革发展举措。全院各研究所积极推进体制机制改革，特别是新建研究所在筹建过程中积极探索新的体制与管理机制。