2004年10月，中科院“不可思议”地主动向国家提出这样一个请求：要求国家有关部门对自己的科研创新工作进行全面调研评估。

这个后来被很多分析人士认为是“开我国科研机构先河”的评估过程，由国家科技部牵头。来自政府各职能部门、中国科学院、中国工程院、各大高校、科研机构的30多名专家，对知识创新工程试点工作进行了全面系统的评估。

清华大学公共管理学院常务副院长薛澜教授参与了本次评估，并参加了评估报告的撰写。薛澜称“这么大规模地对国家科研机构进行评估，应该是第一次，对中科院而言，需要很大的决心和魄力”。

而在薛澜看来，中科院自主创新模式取得巨大成就的第一条原因就是“改革的决心和魄力”：一旦确定目标，就朝着目标坚定地前进，领导班子有很强的执行力。

1997年7月，刚刚走上中科院院长岗位的路甬祥院士，就专门成立了一个战略研究小组，重新研究确定中科院的定位。专家分析“当时科研力量分散、学科目标老化、队伍缺乏创新能力，计划经济体制下形成的模式，导致研究机构几乎无一例外地形成相互封闭、力量隔断的体系，难以适应科技的迅猛发展”。

经过研讨，中科院确定了“建立创新体系，攀登世界科技高峰，为经济建设、国防安全和社会发展做出基础性、战略性、前瞻性的创新贡献”的目标。

薛澜说，虽然遇到了来自内部和外部的各种阻力，但中科院很快制定并出台了各种具体措施，下大力气推进改革，“这种决心保障了创新顺利进行”。

中科院副秘书长曹效业说：“知识创新工程要进行大规模的布局调整，涉及这么多人的利益、这么多人的位子，我们需要相当大的决心，因为我们清楚，科研工作必须适应国家总体战略发展。”

中科院科技政策与管理科学研究所所长穆荣平，对这种“决心”同样表示欣赏，其他科研机构可能也在推行改革，但效果不如中科院明显，就是因为很多措施没有很好地贯彻执行，决心和魄力不够，遇到一点阻力就停滞了。

穆荣平说，有信心接受外部评估更是一种“决心”的体现。中科院不仅“有决心”向纳税人说明国家投入使用的有效性和合理性，提高国家重大工程或科技计划的管理效率；而且对知识创新工程试点工作产生的绩效充满自信，“有决心”自愿承担评估带来的巨大压力。

有了决心，还要建立全面的改革创新体制，革除不能适应科技发展的框框。

薛澜称赞中科院“改革的全面、系统”：知识创新工程实施的体制、机制改革，不是单单局限在某个方面或某一个点，而是全面系统的改革，全盘考虑推进。

以人事制度改革为突破口，中科院在人事聘用、工资分配、资源配置、评价体系和干部任用等方面进行了大量制度创新。1999年，率先在全国科研系统中实行“全员聘用合同制”；2001年停止了各类专业技术职务任职资格的评审，全面实施岗位聘任制度；2002年对所有新进人员实行人事代理；在分配机制体现绩效优先，打破分配上实际存在的平均主义；对高层次的拔尖人才，实行协议工资制；通过建立健全新型监督评估制度，并与领导体制、预算拨款制度、新的用人制度等相联系，构筑国立科研院所制度的基本框架。

“体制机制的设计，很好地涵盖了改革的各个方面，又考虑到不同地域、不同研究领域和不同院所特点等，加之科研人员总体素质较高，改革措施能够很好地贯彻实施。”

而这种强调“总体规划、总体战略研究”的改革思路，在3月中科院发布的《中长期发展规划纲要》中更是高调提出，“要加强整体设计，统筹协调，加快推动战略研究体系建设。战略研究平台和专业研究机构要重点加强系统性、综合性和前瞻性的战略研究。研究所要成立领域方向战略研究组，建立持续开展战略研究的工作机制”。

薛澜建议，应该将中科院总体布局发展的经验，借鉴到建设国家创新体系，在更大的层面上进行资源整合，进行战略研究的规划调整。

科研工作离不开经费支持，中科院科学的投入机制同样被评估专家们称道。

中科院彻底“改变以往撒胡椒面儿似的科研投入，变成了收拢五指、攥紧拳头的投入方式”。中国科学院常务副院长白春礼在2006年度工作会议上强调在“基础研究”、“战略高技术”、“经济社会持续发展相关研究”等领域做出一流成果，加大投入。

薛澜说，“分清楚把钱投在哪里”，对于建设创新型国家至关重要。“对科技投入的机制，国家必须进一步进行改革”。

薛澜认为，“通过不同的计划，在一定的经费支持下，在一定的时间范围内出成果”的科技支持模式有很大局限，他说，要明确哪些项目应该由国家支持，比如基础和共性研究，应该在国力允许的情况下，通过立法保证足额稳定投入；共性科技服务国家给予一定支持，同时可收取一定费用；面向市场的科研，国家应提供政策和环境条件，鼓励企业成为创新主体。

他说，知识创新工程正是在国家的稳定支持下，充分调动科研工作者的积极性，才取得了一系列成果。从建设国家创新体系的角度上说，必须以此为起点，建立更加明确、稳定的科技投入机制。“提高国家的自主创新能力，这是一个优秀的试验点，更是一个关键的起点。”