2012年，中科院创新能力显著提升，高水平论文比上年增长13%，授权专利和授权发明专利预计都比上年增长20%，科技成果转移转化8500多项，使社会企业新增销售收入3027亿元，利税478亿元。

中科院秘书长邓麦村在中科院2013年度工作会议新闻发布会上介绍，2012年，中科院取得了一批重大创新成果，包括大亚湾中微子实验首次发现第三种中微子振荡模式、量子通信与量子计算研究在国际上首次实现八光子纠缠、干细胞研究建立精子的替代细胞并获得转基因动物、发现调控大脑智力发育的关键因子、平流层飞艇飞行试验圆满成功等，在国际上产生了重要影响。

中科院大科学工程建设取得多项进展，其中具有代表性的有亚洲第一的65米射电望远镜在上海落成，“科学”号海洋科学综合考察船正式交付使用，子午工程顺利通过国家验收等。

据介绍，战略性先导科技专项是中科院面向世界科技前沿和国家重大战略需求而实施的，先期启动的专项已取得重要进展，例如空间科学专项启动了硬X射线探测卫星、量子科学实验卫星、暗物质探测卫星、返回式科学试验卫星的工程研制，其中硬X射线探测卫星、量子科学实验卫星已进入初样阶段。

此外，中科院还将陆续启动实施大气灰霾追因与控制、低阶煤清洁高效利用关键技术、面向感知中国的新一代信息技术研究等战略性先导科技专项的研究。