1954年9月，全国人大第一次会议通过的《中华人民共和国国务院组织法》，不再把中国科学院列为政府部门。同年11月，国务院在《关于设立、调整中央和地方国家行政机关及其有关事项的通知》中宣布，原政务院所属的中国科学院，不再作为国务院的组成部分，但工作仍受国务院指导。