1977年7月，在全国带头取消院所两级革委会，建立党委领导下的所长负责制。1984年，中共中央批准中国科学院计算所等14个研究所试行所长负责制。在试点的基础上，1985年，中共中央《关于科学技术体制改革的决定》中正式提出科研院所实行院所长负责制，赋予研究机构干部人事管理上的自主权，科研院所可以自主决定内设机构和人事管理事宜；同时强调科研院所党组织发挥政治核心作用和保证监督作用，支持院所长负责制的有效实施；还要求科研院所加强民主管理，建立和实行各种责任制，充分尊重和发挥科学技术人员的作用。以中国科学院下属研究机构为先导，全国科研院所陆续实行院所长负责制，并进行与之配套的以干部人事制度改革为重点的内部体制改革和机制创新。