在十七届六中全会精神的指引下，在中科院党组关于构建和谐“创新生态系统”的部署下，生物物理所借用“文化生态学”理论，积极开展“创新文化生态系统”的研究与探索，为本单位科技创新提供精神动力和智力支持。

一是探索并实践生态化的创新价值观。生态化的创新价值观，就是要产出对国家、社会产生实际效能的创新性成果，推动科技创新生态群落与社会大生态系统的能量交互，进而构建以人文为本的科学发展模式，提升当代社会发展的文化平台。这些价值观包括：“面向国家战略需求、面向世界科技前沿”。长期以来，该所秉承创始人贝时璋院士关于“一要理论联系实际，二要服从国家需要，三要努力赶超世界先进水平”的建所原则，在放射生物学和宇宙生物学等关乎国家安全的关键领域，在胰岛素人工合成、猪胰岛素晶体结构测定等生命科学前沿，做出了奠基性和开拓性的贡献，实现了生命科学基础研究与国家、社会生态系统的良性交互。进入知识创新工程之后，该所以“在科学前沿为满足国家需求做出历史性贡献”为核心价值观，围绕蛋白质科学和脑与认知科学的重大科学问题开展原创性研究，并以此为基础进一步加强了与社会生态系统的能量输出与交互。实施“创新2020”以来，该所以“服务国家需求、抢占科技制高点”为指引，把制定“一三五”规划作为建立生态化创新体系的重要机遇，提出了“以生命科学领域关键装备创新、关键技术和实验方法突破，构建以生物制药和体外诊断为重点的转化型研究体系”的规划，推进研究所科技创新群体与社会大生态系统的能量交互，构建和谐的创新生态环境。

二是不断完善创新生态系统的整合与促进功能。该所以“十二五”规划为引领，积极发挥创新文化特别是组织氛围对科技创新的整合与促进功能。首先，改革组织机构，推进创新模式演替。该所以“科学问题”为引领，以重点实验室集群为创新单元，以大型仪器共享平台为支撑，进一步完善基础研究创新体系，构建集项目、人才、装备为一体的创新功能单元—PI Group，为“出重大成果、出杰出人才、出重大思想”提供组织保证。

其次，改进成本与绩效管理，促进可持续发展。该所以“有利于团队建设发展、有利于资源统筹、有利于潜心科研”为导向，以科技评估为基础，不断改进成本管理模式，对优秀及开辟新领域的研究单元给予稳定支持，努力探索建立“以宽带薪酬为基础，以科学公正的评价体系、高效配置的资源管理模式、及时全面的反馈机制为保障”的竞争合作、和谐共进的持续发展环境。