刘瑞玉组织推动多项海洋学和水产科学的国际合作研究。特别是全国海洋综合调查、中越北部湾海洋综合调查、全国海岸带和海涂资源综合调查等，为国家取得了大量系统宝贵资料，填补空白。编绘了我国第一部《渤黄东海渔捞海图—-海洋学图集》。

他从20世纪80年代起任中美海洋、渔业科技合作项目联合工作组成员至今，又任生物资源协调组中方副组长。1989年起负责中德海南岛海洋生物联合研究和中韩黄海海洋学联合研究。他积极推动海洋科学和水产科学的国际合作，为促进发展我国国际合作研究与学术交流做出了不懈的努力，取得了显著的进展。他在这些国家的海洋学界享有盛誉，受到同行的崇敬。1992年德国森肯伯自然学会在庆祝成立175年大会上授与刘瑞玉通讯会员荣誉称号，1995年韩国仁和大学特授予他名誉理学博士学位。刘瑞玉先后兼任中国科技协会全国委员会委员，中国海洋湖沼学会秘书长、理事长、名誉理事长，中国海洋学会副理事长，中国水产学会副理事长，中国动物学会常务理事，中国甲壳动物学会理事长，国际甲壳动物学理事会理事，国际地圈生物圈计划(IGBP)海岸带陆海相互作用项目(LOICZ)科学指导委员会委员、中国工作组组长，国际黄海海洋学会主席团成员、编辑委员会主席，《海洋与湖沼》副主编、主编，《海洋学报》副主编，《中国科学》、《科学通报》、《动物学报》及其他4种全国性学术刊物编委，国际杂志《The Yellow Sea》联合主编，《Esturine,Coastal and Shelf Science》和《Aquaculfure》编委等职。共著有论文150多篇，专著10部。