何泽慧对中国原子弹、氢弹的成功研制做出了不可磨灭的重大贡献。以原子能所为基地，在钱三强的领导和何泽慧等人的指导下，开展了脉冲中子测量、临界试验物理方案及实验装置的研究，同时开展了中子源的研究和试制。何泽慧领导开展了中子物理、裂变物理与轻核反应的基础性工作，以获得研制原子弹、氢弹所必需的关键性数据：从测量重核裂变谱中子的平均裂变截面和中子去弹性截面开始，到重核裂变中子能谱和裂变中子平均数的测量，以及为判定核爆燃耗的重核裂变产额的测量等等。由于核武器制造的高度保密性，一些关键的有分歧的国外数据只能靠自己的实验来澄清，例如：235U的热中子裂变截面是一项至关重要的基本数据，在国外文献上发表的这个数据存在明显的分歧；1962年，何泽慧提出利用自制的载铀乳胶和载硼乳胶来进行测量，经过研究人员的共同努力，得到了精确的结果，至今仍与国际上推荐值一致。1960年，为了将氢弹研究所必需的轻核反应研究先走一步，钱三强、何泽慧在中子物理研究室内成立了轻核反应组，建立了实验设备与技术。1963年前后，何泽慧考虑到中子标准工作的重要性，建议专门成立一个中子标准组来建立中子源强度和中子通量的标准。几年之后，中国就有了自己的中子标准，并用以解决了一系列实用问题。20世纪80年代中期，在这些工作基础上改进重建的两项中子标准，参加了国际比对，达到国际先进水平。1965年何泽慧受命组织中子物理研究室和低能核物理研究室部分骨干成立突击队，任总指挥，执行测量氘和6Li核反应数据的紧急任务，要求半年内完成。她全力以赴，不到半年就提前完成，澄清了国外数据的分歧，为中国氢弹研制方案的选择作出重要贡献。接着，该研究集体又对轻核反应数据进行了较系统的测量，为氢弹研制提供了重要数据。