中国科学院青年联合会于1999年10月23日在京成立,它是在中国科学院党组领导下的群众性团体,是由许多优秀青年汇聚而成的先进群体。其指导思想是:以党的基本路线和邓小平理论为指导,高举爱国主义、社会主义和科学民主的旗帜,弘扬科学精神,建设创新文化,建立国家创新体系,落实科教兴国发展战略,促进祖国统一,维护世界和平,为把我国建设成为富强、民主、文明的社会主义国家而奋斗。
基本任务是:凝聚、带领全院青年学习马列主义、毛泽东思想和邓小平理论,积极投身科教兴国战略的伟大实践,深入实施知识创新工程;引导青年刻苦钻研业务,努力开拓创新;培养造就一批适应新形势要求的青年创新人才;发展同海内外青年组织的联系和友谊;代表和维护全院青年的合法利益。