近日,上海药物所在成功表达出SARS病毒的E蛋白、N蛋白和3CL蛋白水解酶后,利用InsightII分子模拟软件所提供的生物信息学方法,对SARS病毒的3CL蛋白水解酶的同源性进行了分析,进而利用InsightII软件对3CL蛋白水解酶的三维结构进行了成功的同源建模,并根据所模建的三维结构对3CL蛋白水解酶的活性位点进行分析,获得了作为抗SARS药物作用靶点的3CL蛋白水解酶的详细信息,为下一步进行抗SARS药物的虚拟筛选,尽快找到有效药物打下了坚实的基础。之后,上海药物所利用药物虚拟筛选技术发现的抗SARS活性的潜在药物,证明了利用InsightII所模建的3CL蛋白水解酶的三维结构的合理性及所预测活性位点的正确性。
在成功锁定抗SARS病毒药物的作用靶点并揭示SARS病毒感染途径和作用机理之后,上海药物所药物发现与设计中心(DDDC)利用MDL公司提供的“药物数据报道数据库(MDDR)”、“综合医药数据库(CMC)”、“中国天然产物数据库(CNPD)”以及上海药物所的自有数据库,组成了包括数十万个化合物的抗SARS药物虚拟筛选数据系统,并利用这一系统在拥有64个CPU的SGI超级计算服务器上,针对SARS病毒靶点和作用机理进行了大规模的抗SARS药物的虚拟筛选,找到了上百个具有潜在抗SARS活性的化合物。经过DDDC专家的认真分析和实验验证,在不到一个月的时间里,发现了19个有抗SARS活性的潜在药物。 |