嫦娥二号测控系统总设计师钱卫平在接受记者采访时说，与嫦娥一号任务测控系统相比，肩负着更多科学试验和探测任务的嫦娥二号测控系统呈现出6项技术变化。

——嫦娥一号任务中不同发射窗口采用的是相同发射弹道，测控系统利用2艘测量船即可完成测控任务。而嫦娥二号任务采用了可连续3天发射并将卫星直接送入地月转移轨道的发射方案，发射段测量船数量由2艘增至3艘。

——嫦娥一号任务中曾使用欧空局新诺舍深空站作为国内测控站的备份，以保证测控系统可靠性。国内测控站经过嫦娥一号任务的检验，同时由于智利圣地亚哥站完成建设并投入使用，因此嫦娥二号任务不再使用欧空局新诺舍站和智利ＣＥＥ站。

——嫦娥二号近月点轨道高度由200公里变为100公里，并将择机进入100公里×15公里试验轨道，针对环月轨道的变化，测控系统利用嫦娥一号任务后期获取的轨道实际测轨数据，完成了精度分析和影响分析工作，并优化了轨道控制策略，满足了测定轨和轨控精度要求。

——嫦娥一号任务中卫星CCD相机自主完成成像，图像分辨率较低，嫦娥二号任务为满足“虹湾”地区高分辨率成像要求，需要地面利用轨道预报生成CCD相机相关参数数据，并注入卫星完成成像。

——为验证嫦娥三号任务关键技术，在嫦娥二号任务地月转移轨道段和环月轨道段新增加了Ｘ频段测控技术和LDPC遥测信道编译码两项试验。

——结合设备改造计划进度，北京飞行控制中心与青岛站、喀什站等部门之间采用IP协议进行信息交换，其他方向沿用嫦娥一号任务的技术状态，采用HDLC协议进行信息交换。