1999年7月，由遗传发育所牵头，我国参与了国际人类基因组计划，成为继美国、英国、法国、德国、日本之后的第6个参与国，也是唯一的发展中国家。2000年4月，我国提前完成了国际人类基因组计划1%基因组序列工作框架图，测定了第3号染色体短臂上3000万个碱基序列，绘制了达到99.99%覆盖率的完成图，为我国生物资源基因组研究及参与国际生物产业竞争奠定了基础。

　　2000年，遗传发育所合作参加中国超级杂交水稻基因组计划。2001年10月，率先完成水稻（籼稻）基因工作框架图的绘制，并免费公布数据库。2002年12月，完成全球第一张农作物的全基因组精细图——籼稻基因组序列精细图的绘制，并研制成功世界第一个覆盖水稻全基因组的基因芯片，为保持我国在杂交水稻育种领域的国际领先地位奠定了基础。获2003年度中国科学院杰出科技成就奖。

　　2014年，动物所成功破译了飞蝗的全基因组序列图谱，这是迄今人类破译的最大动物基因组，揭示了飞蝗聚群行为调控以及表型可塑性遗传、表观遗传调控机制；同时围绕种群暴发成灾机制等难题，取得系列突破性进展。获2017年度中国科学院杰出科技成就奖。

2001年2月《自然》发表人类基因组计划框架图研究论文

2002年12月《自然》发表籼稻基因组序列精细图研究论文

飞蝗的全基因组序列图谱