20世纪七八十年代，系统所发展了中国传统数学的算法化思想，提出了用计算机证明几何定理的高效代数方法——“吴方法”，开创了数学机械化这一新兴交叉学科方向。这是目前符号求解代数与微分代数方程组最完整的方法之一，已应用于解决机器人运动学、智能CAD、视觉定位、数控最优插补、密码分析、物理规律自动发现、天体运行中心构形等数学交叉科学问题，标志着我国在自动推理研究领域达到国际领先水平。

　　哈密尔顿系统是表达一切守恒物理过程的数学形式，辛几何是哈密尔顿系统的数学基础。1984年，计算数学所提出了基于辛几何的哈密尔顿系统的计算方法，开创了这一计算物理、计算力学与计算数学相互交叉、渗透的新兴前沿领域，通过系统研究取得了一批奠基性原创成果，在国际上产生了重大影响，获1997年度国家自然科学奖一等奖。该算法已成为常微分方程和动力系统数值计算的主流研究方向，带来了科学和工程领域计算的革新，广泛应用于天体轨道演化、高能加速器设计、分子动力学模拟、数值天气预报、石油和天然气勘探、等离子体约束、计算量子化学等。

　　《几何定理的机械化证明》

　　辛几何算法手稿