一是坚持“以人为本”，以人事制度改革为重点带动整体改革。在全国率先进行了以“按需设岗、按岗聘任、择优上岗、动态更新”为主要内容的岗位聘任制，建立了“岗位聘任、项目聘用和流动人员相结合”的新型用人制度，建立了体现绩效优先原则的“基本工资、岗位津贴、绩效奖励”三元结构分配制度。

　　二是坚持“竞争发展”，以资源配置制度改革带动管理创新。明确了“整体规划、保证重点、择优支持、鼓励竞争、优化配置、动态调整”的资源配置方针，初步形成了有利于资源集成和提高使用效率的资源配置制度；按照“质重于量、分类评价、公开公正、科学严肃”的原则，建立了研究所评价体系，并建立了基于评价结果的资源配置调整机制，奖优罚劣。

　　三是坚持“依法办院”，加快建立现代院所制度。按照“职责明确、评价科学、开放有序、管理规范”的原则，进一步规范实行了所长负责制、研究所党委工作制度和职工代表大会制度，在共建单位试行了理事会制度，扩大和保证科研机构的自主权，强化了研究所的整体调控和组织能力，初步改变了“研究组各自为战”的分散局面。