2000年，中国科学院在二期试点报告中，提出了到2010年的发展蓝图。一是拥有80个左右具有强大科技创新和持续发展能力、特色鲜明的国家研究所，成为我国具有国际先进水平的知识创新和技术创新基地；二是加强院部与学部的结合，充分发挥中国科学院综合优势，成为国家科学思想库；三是拥有与科学研究和高技术发展紧密结合、面向社会、充满生机活力的人才教育培养体系，成为我国培养和造就高级科技创新与创业人才的重要基地；四是形成完善的科技创新成果转化体系与机制，实现科技成果与科技人才不断向社会转移，成为促进我国高技术产业发展的重要基地；五是向全社会普及科学知识、弘扬科学精神、倡导科学方法，成为我国现代科学文明与创新文化的重要源泉和基地；六是进一步扩大开放，积极参与国际科技合作与竞争，共享国际科技资源，成为我国在国际科学界的重要代表。

为了实现上述发展蓝图，在新时期办院方针指导下，中国科学院按照“全球眼光，中国国情，着眼当前，面向未来”的指导思想，进一步分析了我国“全面建设小康社会，加快推进社会主义现代化”对科学技术的战略需求和未来世界科技发展态势，认真剖析全院发展现状，提出了新时期发展战略，包括科技创新跨越发展战略、科技创新人才战略和科技创新可持续发展战略。

在实施新时期发展战略过程中，中国科学院充分发挥院所两个层面的积极性。院层面重点加强战略研究，做好整体设计，明确政策导向，加强宏观指导，有重点地针对全局性的关键问题采取了有力措施，通过试点先行、择优支持的方式加以引导。在研究所层面，根据院的总体战略设计，联系本单位和本领域的发展实际，研究制定了相应的发展战略和规划，进一步凝练和提升了科技创新目标，深化了科技布局和组织结构调整，调整和加强了人才战略规划，进一步深化了运行机制改革，加强创新文化建设，初步建立了适应可持续创新发展要求的基本制度体系。