世界上户外保存物种数量最多的植物园之一云南西双版纳植物园，创出亩产皮棉257.1公斤世界最高纪录的新疆策勒基地，在黄土高原形成了不同尺度生态建设试验示范研究体系的“陕北水土保持生态建设示范区”……这些产生了良好经济、社会效益的项目，正是近年来中国科学院与全国27个省市“联姻”的“结晶”。

随着与27个省市全面合作关系的建立，中国科学院以长江三角洲、珠江三角洲、东北地区、西部地区以及环渤海地区为重点，东中西部并举的院地合作新格局已经形成。过去单纯的科技成果转化和技术转移，逐步“让位”于区域经济社会全面、协调、可持续发展的全方位合作。

为加强院地合作工作，中科院成立了院地合作委员会，逐步建设起五个“操作平台”：一是组成了以分院为依托的协调、组织、管理、服务系统；二是建成了高技术产业化信息交流交易系统，初步具备网络交易会的基础条件；三是形成了以院地双方互派干部组成的桥梁纽带工作系统；四是建立了院与省市、企业合作的社会经济效益统计评价系统，并已纳入国家统计局统计体系；五是发展科技中介服务机构系统，组建了7个技术转移中心。

中科院还与地方共同新建中科院广州生物医药与健康研究院、中科院宁波材料技术与工程研究所、上海小卫星工程研究中心等研究机构，共建共管华南植物园、南方海洋研究基地、国家新药筛选中心等一批已有研究机构。

此外，中科院大力加强选派科技副职工作，积极开展院地人才合作。1998年到2003年，共派出科技副职393人。