知识创新工程试点实施6年来，中科院的科技创新能力大幅提高，科技创新产出数量大幅增加，优秀科技论文数量“直追”国际一流综合性研究机构。

有数字为证：从1998年到2003年，中科院SCI(科学论文引用索引数据库)论文增长一倍多，从5860篇上升到12060篇。中科院发表的高质量论文占全国比例过半并呈上升态势。1998年至2003年，全院在《自然》和《科学》上发表论文数达到119篇，占全国一半以上。中科院在各学科领域影响因子居前20位刊物发表论文达2491篇，占全国54%。据中国科技信息研究所统计，2002年，发表SCI论文排名前20位的研究机构全部为中科院的研究所。

德国马普学会和法国科研中心是国际一流综合性研究机构。与这两大机构相比，中科院发表科学论文数增长速度居首，SCI论文总数已超过德国马普学会，从1998年比德国马普学会少1031篇发展到2003年多4109篇。

在高水平论文数量上，中科院与德国马普学会、法国科研中心的差距迅速缩小。1998年，中科院在各学科领域影响因子居前20位刊物发表的论文数仅相当于德国马普学会的20%、法国科研中心的17%，到2003年，这一比例分别上升到53%和52%。

中科院负责人说，总体上看，中科院正处在历史上最好的发展时期之一，“整体发展比我们预想的要好，创新能力提升比我们预想的要快，大部分研究所已具备了持续发展的条件，部分研究所和一些重要领域已具备了创新跨越的可能”。