在侯老年幼最初的记忆里，父亲总是不在家，懂事后才知道他父亲在外面做牧师。由于做牧师收入不多难以养家，后来就在汕头教书。侯老说，他母亲是最辛苦的人，手里总有忙不完的活，不仅要照顾全家的饮食起居、子女读书，还要赶做一些手工以补贴家用。他对他母亲评价很高，说她具有深厚博大的爱心，常常帮助、接济有困难的亲友。

侯老和他三姐的关系更亲密一些。解放后，他三姐的大女婿在三反五反时，“打老虎被整死了，三姐的大女儿因此受到了牵连，三姐只好去新加坡投奔她二女儿。由于当年的政治气氛，他和三姐多年失去联系，直到1982年才联系上。那时侯，他三姐年近90，盼着要与他见上一面。1983年侯老到英国参加世界石油大会，回程路过新加坡。原以为能够和三姐见上一面，没想到他三姐几个月以前就去世了，这成了侯老终生的遗憾。

侯老曾经在1937年回到汕头为父母做过一次生日，以后由于战乱以及出国留学，再也没有见过他父亲，他父亲在他回国前夕(1949年)去世的。当时没有下葬，灵柩安置在家中一间空房里，等待他们兄弟俩回去举行安葬仪式。1950年，侯老和大哥侯祥川回到汕头老家，和亲友一起为他父亲举行了简单的安葬仪式。当年的汕头是前线，国民党的军舰时有出没。母亲对他们哥俩的安全很不放心，催促他们快走。可谁知这一走竟是他们与母亲永远的诀别。侯老的母亲是1952年去世的，他的大哥没有回去，他因公务脱不开身没能回去。是姐妹们为他的母亲办的丧事，并将父母合葬在一起。这在侯老的心里留下了永久的愧疚和遗憾。

2004年4月，他的夫人李秀珍女士不幸身染重病，病情危急，6月25日，已处于弥留之际。这天上午，温家宝总理在中南海主持国务院办公会议，听取 “中国可持续发展油气资源战略研究”的汇报，侯祥麟同志准时出席了会议，并做了重点发言。

温总理侧身倾听，把亲切的目光转向这位慈祥的老人。作为课题主要负责人，侯祥麟院士抖搂精神，支撑起瘦小的身体，字斟句酌，从前瞻性、战略性的高度，实事求是地分析了我国油气可持续发展的历史、现状和未来，受到了温总理和与会者的赞扬。

然而，人们没有想到，就在同一天下午，与侯祥麟院士共同工作、生活了近半个世纪的老伴李秀珍女士不幸与世长辞。等侯老参加完国务院会议，赶到医院时，老伴已经“走”了，给这位92岁的老人留下了终身的遗憾。