为祖国石油科技事业呕心沥血，就是为民族的生存与发展寻找可持续的能源基础。这样的追求使侯祥麟院士对年轻人才的鼓励与提携变得自然而然，把科学的火种播撒在青年人的心田。侯祥麟院士心系未来，在基金事业上不遗余力，体现了老一代科学家对民族未来的高度责任感与使命感。

侯老是国家自然科学基金会第一届委员，1986年中国科协成立振华基金会(今为中国科技发展基金)，他是副理事长之一。目前，由侯祥麟院士主持的有3个专项基金。

第一个是李成志国际象棋专项基金。该基金是新加坡华人李成智先生资助中国国际象棋事业的。李成智是新加坡华人，他捐献了约800万人民币，拿出100万左右在中国棋院建了一个小图书馆，剩下700万作基金。在这个专项基金方面，侯老没少下功夫。他认为李成志给那么多钱，无论如何也要用好，他和其他负责人经常研究中国国际象棋的发展战略。近年国内的国际象棋普及面在扩大，青少年的国际象棋整体水平不断提高，世界冠军谢军一直保持着优势，更年轻的诸宸也脱颖而出。李成智国际象棋基金的设立，促进了中国国际象棋水平的提高。

第二个是1994年成立的中国科技馆专项基金。当时中国的科技馆处于低谷，没有经费，也没有收入。为了创收，好多科技馆不务正业，把房子出租出去。中国科技协会的书记高镇宁找到侯老，让他担任国科技馆专项基金会长。成立这个基金主要任务一方面是奖励，一方面是资助。该基金的设立，对推动全社会关心和支持科普教育和科技馆事业，优化社会科技教育环境起到很好的促进作用。

第三个是侯祥麟基金。1996年10月17日，侯老荣获“何梁何利基金科学与技术成就奖”，奖金100万港元。侯祥麟院士捐出50万元，在中国石油天然气总公司、中国石化总公司和石油化工科学研究院的支持下，设立了侯祥麟基金。“侯祥麟基金”旨在激励科研院所和高等院校炼油与石化专业的青年高层次人才尽快成长，早日为国家做出贡献。“侯祥麟基金奖”自1997年开始，至今已颁发7次，共奖励227人，其中本科生118人、硕士65人、博士25人、博士后6人、青年科技人员13人。目前，“侯祥麟基金”已增加到800万元。

侯老这一生与教育事业结下了不解之缘。他的父亲终生从事教育工作，家里有了积蓄，首先想做的事情就是办学校。他毕生的一个强烈愿望就是为教育做一件事，侯祥麟基金的建立使他实现了这个愿望。