1978年，中国人民政治协商会议第五次全国代表大会在北京召开，侯祥麟当选为本届政协委员并出席了此次会议，会上他被选为常委。

此后，侯祥麟连续当选为第六届、第七届政协常委，直到1993年换届时退出。在15年里，他亲身参与了国家一些重大问题的讨论和调查研究，他自称这是他生命中一段非常宝贵的时期。

1982年，侯祥麟不再担任行政职位，但仍继续担任政协常委，这让他有较多时间处理政协的大小事情。在政协，他主要做科技方面的工作，比如参与提案的准备、召集各种座谈会、搞专题调研、起草报告等等。

第六届政协常委会设立的专业组有科学技术组，1986年科技组召开了一系列专题座谈会，就技术引进、引进后的消化吸收创新、技术引进与自力更生的关系等问题，广泛听取科技界专家的意见。侯祥麟等专家集思广益，还起草了一个报告--《关于技术引进问题的几点意见和建议》。该报告对于改革开放以来，我国在技术引进方面产生的重大影响和主要问题提出了意见和建议。

1985年中央作出关于科技体制改革的决定，根据决定，国家科委作出了一些探索。侯祥麟等政协科技组成员组成调查小组，奔赴全国各地对科研体制改革实地调研，发现了很多新问题，最终起草了《关于科研院所进入大中型企业问题的调查报告》，并上报国务院。

在第七届全国政协时期，侯祥麟担任科技委员会的副主任，继续抓科技体制改革专题的调研，做了大量的工作。在两期调研后，以他为组长的专题小组形成了一个完整的报告--《进一步完善和深化科技体制改革》。

侯祥麟等曾组织一些学部委员，对中科院一些研究所的仪器设备进行调查，了解到许多设备已经完全不能适应当时科研工作的实际需要，如果国家不给予大投入，我国科研事业的滞后将积重难返后，他们立刻形成了调查报告，提交给国务院。事情很快得到落实，国务院批给中国科学院5亿元人民币进行设备更新。这对中科院而言，正是雪中送炭。

政协的活动大多是写提案、做发言，这些工作事先都要做很多调查。侯祥麟主要参与了科技成果转化，防止人才流失、解决人才断层，支持重点科研单位，以及怎样创造一个勇于创新的环境等问题，这些问题，对于中国科技界都非常重要。