50年代初，侯祥麟归国后不久，就与曹本熹、武迟、侯德榜等酝酿恢复中国化学工程学会，该学会曾在抗战时期停止活动。在几人的努力下，1957年8月中国化工学会挂牌成立，著名化工专家侯德榜担任会长，侯祥麟任秘书长。此后侯祥麟就一直参与中国化工学会的工作。

随着石油工业的高速发展，石油科学技术已发展成为一门独立性很强的综合性学科。为了加强国内外石油科技交流和普及活动，适应世界科技发展潮流，赶超世界先进水平，身为石油部副部长的侯祥麟和闵豫又多次酝酿成立中国石油学会。这一倡议得到了多方面的响应和重视。成立石油学会的申请得到了国务院的批准，办事机构及人员编制及时有了落实。1979年4月，中国石油学会第一次代表大会召开，侯祥麟当选为理事长。此后，地方石油学会也相继成立。

石油学会成立后，侯祥麟付出了很多精力。石油学会各专业委员会和地方石油学会每年都要组织数次学术报告会，为大家提供一个自由讨论、广开言路、畅所欲言的场所，学术报告会气氛很活跃，对于开展学术交流、提高技术水平有很大作用。此外，石油学会与国际石油界的交往也日渐频繁，尤其是与美国石油工程学会和物探学会接触较多，还定期联合召开学术会议。

石油学会成立20多年来，发展非常迅速。现今会员已超过7万人，有15个专业委员会，在石油石化行业有着广泛的影响。

除参加学会活动外，在七五和八五期间，侯祥麟还负责了一些重要科研项目。“我国自然环境材料腐蚀数据积累及基础研究”就是其中一项。这是国家自然科学基金的重大科研项目，侯祥麟与中科院金属腐蚀与防护研究所的曹楚南院士共同负责。其实这项工作起始于50年代，当时全国各地都埋有试样，用于研究土壤、大气、海水等自然环境对金属和非金属材料的腐蚀。项目意在通过累计数据来查找规律，预测腐蚀程度，提出防腐措施。

然而基础数据累计是周期长、见效慢的工作，不易得到支持，投资者和从业者都不甚积极。为此，侯祥麟和曹楚南作了许多说服工作，最终使该项工作列入了“九五”计划。经过15年的累计工作，已经取得了大量数据，也摸清了一些腐蚀规律，为三峡水库、上海宝钢等一些重大工程建设提供了参考资料。

学术活动贯穿在侯祥麟的一生。在1983年第十一届世界石油大会召开时，侯祥麟还以世界石油大会中国国家委员会主任的名义率中国代表团参加了大会。此后，他又为争取第十五届石油大会在中国召开而奔波，这时他已80多岁高龄了。