1955年，中国科学院仿照苏联模式成立了学部，具有指导研究所的职能。侯祥麟被选为第一批技术科学部委员，这就是后来的院士。该学部除了侯祥麟外，还有严济慈、侯德榜等著名科学家。侯祥麟一直担任技术科学部的常委。

同年，技术科学部主持评审了中国科学院科学奖金，这是自然科学研究成果第一次评审国家级奖项。侯祥麟参与实施的大连石油研究所的费托合成铁催化剂被推荐为得奖项目。其实项目中试尚未成功，侯祥麟提出应暂缓评审这一项目，但是其他人认为，小试的成果已然很突出，最终该项目获奖。

文革结束后，中国科学院开始恢复活动，并于1981年5月召开了第四次学部委员大会，会议选举了主席团，侯祥麟被选为成员。

与基础科学相比，很多人对技术科学不甚了解，这让侯祥麟和学部一些专家深感技术科学没有受到足够的重视。虽然在中科院，侯祥麟所在的技术科学部的人数最多，但就技术科学本身而言，人数比例仍旧算少。因为，中国工程界除了搞技术科学的专业人员外，还有大量搞具体技术工程工作的，他们中比较有成就的人却进不了中国科学院。

从这个角度出发，技术科学部主任师昌绪及学部张维、张光斗、王大珩、罗沛霖、侯祥麟六人就发起了成立工程院的建议。其实，世界上有一些国家除了科学院外，还有工程院，特别是一些工业发达国家均设有工程院。这些国家的工程院还发起成立了“国际工程及技术科学院理事会”。

在成立工程院的想法诞生后，侯祥麟等人就开始给中央、国务院写报告，他们在政协的提案中也多次呼吁。最终，国务院成立了筹备小组，投票选举了第一届工程院院士，共97人。

侯祥麟成为第一届主席团成员，在中国工程院组建、完善规章制度、推选院士方面作了很多工作，还常去外地作报告、搞咨询。

1994年--1998年，中国工程院在组建和完善中，逐渐走向成熟。先后成立了一个包括农业、轻纺与环保工程的学部，医药与卫生工程学部，第四次院士大会召开时，又成立了工程管理学部。

在推选院士上，侯祥麟主张吸纳一些经验丰富、贡献大的人进工程院，而不是一味地根据此人的学术论文和专著来下定论。社会上的不正之风也会渗透到评选活动中，但是，作为中国工程院第一届道德委员会的副主任，侯祥麟坚持标准、一如既往、不被左右。