20世纪60年代初,我国正处在援越抗美的特殊时期。此时甲苯短缺，研究甲苯生产的新途径成为当时迫在眉睫的任务。侯祥麟提出了烷基转移的题目，并与程之光副总工程师和陈祖庇主任共同探索通过九碳三甲苯或八碳二甲苯与苯反应，把一个甲基转移给苯，从而生成甲苯的途径。

通过一系列试验，烷基转移实验结果比较令人满意，产品组成的选择性接近热力学反应平衡值。但总体来讲收率不高，中型放大试验的工艺和装置也需要进一步研究和改进。建设工业装置的设计数据还需要通过大量中型试验来进一步摸清。

从1963年起，石油科学研究院做了络合分离的探索研究。专家们采用的技术路线是用三氯化锑做络合剂，从催化重整的混合芳烃产品中把二甲苯分离出来。虽然一路坎坷与艰辛，但外界的困难与阻力再大，科学家们也不会轻言放弃。经过一系列的技术攻关，1965年，国防尖端原来需要的特殊润滑油品和燃料全部研制成功，投入了生产。“五朵金花”也都建起了工业生产装置。另外，其他配套工作也取得了相应进展。一支高素质高水平高贡献的石油科技队伍已经初步形成。

然而后来的研究试验由于文化大革命的牵绊而一度停滞，科学的脚步也因政治因素一度停滞不前。当侯祥麟提出进一步采用流化床试验的时候，“文化大革命”爆发了。在那笼罩着恐怖与近乎疯狂的阴影下，科学家们感到的是心痛与无奈。之后，我国工厂生产甲苯只能引进国外的技术。

侯祥麟在担任石油科学研究院领导期间，正确把握了科研和生产相结合的大方向。他经常到厂矿了解生产情况，但也不忘到部里参加各种会议。他常说：“这样有助于我们了解宏观和全局。所以，我们在制定科研计划时首先以符合生产实际和长远需要为重，安排任务要贴近生产实际，急生产之所急。”

回首过去，侯祥麟还是感到成功中搀杂着一些遗憾。首先就是政治运动为科学研究造成了一些阻力。1965年2月石油科学研究院设立了地质勘探综合研究所、炼制研究所以及新型材料研究所，可惜还没怎么运转，“文化大革命”就爆发了。另外很多人都为他在担任院长期间没有自己做科研题目而感到遗憾。他说：“作为一个科学工作者，我热爱自己的工作。但我也是共产党员，首先要服从党的安排。为科技工作者服务好，尽可能创造有利环境，为新中国的建设做出贡献，这就是我的使命。”