石油工业部于1955年7月30日组建，1956年制定的规划中，第17、18项任务由石油部承担，为此石油部成立了技术司，任命侯祥麟为技术司副司长(正司长空缺)。当时还从外面调来几个工程师，有来自四川天然气矿的张铁生、来自抚顺页岩油研究所的程兴武等。技术司对口国家科委，归口管理全国石油科研工作，负责规划的实施和科研队伍的建设。由于能够承担任务的科研单位只有抚顺页岩油研究所和大连石油研究所，显然力量不够，石油部上报国务院，拟在北京成立石油地质勘探和石油炼制两个研究所，1956年3月国务院批准了这个报告。因此在规划的第17、18项的主要任务负责单位一栏，列出了计划成立的两所名称--北京石油地质研究所和北京石油炼制研究所。

1957年9-11月，郭沫若院长率领中国科学院代表团访问苏联，主要就制定、签署苏方帮助我国实施远景规划的协议进行商谈。炼油方面的成员有张大煜和侯祥麟两个学部委员；石油地质方面的成员有翁文波和秦同洛。代表团除了与全苏石油炼制研究所等单位洽谈合作项目外，侯祥麟还与全苏国家计委有关人员商谈了在军用油品方面向我方提供资料等问题。根据国防口提出的需要仿制的产品，我方曾向苏方索要资料。经过参观、访问和谈判，在石油科技研究方面，苏方答应在我方比较薄弱的若干环节，帮助我们建设实验室，并派专家来指导工作，帮助培养人才。这些条款在石油科学研究院成立后，逐渐付之实施，对我方的石油工业，主要是地质勘探科技研究工作的开展和队伍的建设起了一定作用。

因为没有找到大油田，天然气原油产量不多，而增产石油的任务紧迫，所以，从炼油处到科技司，侯祥麟主要工作是抓页岩油、合成油生产，从页岩干馏炉改进，费托合成炉改进、催化剂、产品加工，到煤低温干馏及焦油利用等，所以侯祥麟经常去东北的几个厂，抚顺石油一厂、二厂搞油页岩干馏生产煤焦油，三厂搞页岩油加氢，锦州西石油五厂搞煤炭干馏生产煤焦油，锦州石油六厂搞水煤气费托合成生产合成油。我到这些厂检查工作，与抚顺一厂、二厂的同志研究炉型改造，改进了干馏炉炉型、布料器、储热器等，使生产效率得到有效提高。

那时侯祥麟与科技司的同事研究讨论几件事，其中之一是怎么扩大生产能力，必须再找一些油页岩矿。另外，侯祥麟还想进一步搞煤炼油，这就需要好的煤炭资源。