中国科学院南京分院坚持以科学发展观为指导，围绕中心工作，加强党的建设。2008年南京分院系统各单位在以科技促进地方经济发展、弘扬科学精神、促进单位和谐发展等方面做了大量富有成效的工作，得到了江苏省组织部的充分肯定。在江苏省委组织部组织的2008年省部属科研院所党组织10大特色工作、省部属科研院所党组织服务党员群众10大实事评比中，南京分院开展的“围绕院省合作推进科研院所党建工作”、南京地理与湖泊所开展的“学习周立三院士学术思想和崇高品德为和谐研究所做贡献”主题系列活动列入10大特色工作，南京中科天仪公司开展的“设立因病致贫救助基金”工作、南京土壤所开展的老科技工作者协会工作列入服务党员群众10大实事。

    中国科学院南京分院把组织科技力量服务江苏经济社会发展作为贯彻落实科学发展观的重要抓手，领导挂帅，制定计划，明确目标，精心组织，推进中科院与江苏省党政高层领导互访会晤、确定大政方针，加强机构共建，使中科院在江苏共有2个新建研究所、4个院级技术转移中心、10位科技副职、800多个科技项目，初步估算全年为江苏新增销售额180亿元；组织院内单位参加地方各类科技成果对接会洽谈会32次，共争取江苏省科技项目218项、科研经费2.78亿元，获江苏省科技进步奖7项，实现党建、科技工作两手抓、两手硬、两促进。2008年11月南京分院获得中科院院地合作先进集体一等奖、先进个人一等奖各一项。

    南京地理与湖泊所开展了“学习周立三院士学术思想和崇高品德为和谐研究所建设做贡献”主题系列活动，学习周立三急国家所急，把科研工作与国家需求紧密结合的思想，献身科学、无私奉献的精神，团结合作的团队精神，实事求是的科学态度和严谨治学学风。通过举办这些活动，勉励科技人员和研究生政治坚定、严谨治学、艰苦创业、鞠躬尽瘁、乐观向上。

    南京土壤所成立老科技工作者协会，充分发挥老同志自我组织、自我管理、自我服务的功能，让老同志老有所学、老有所教、老有所为，2008年南京土壤所离退休科技人员负责的课题经费达100多万元，科技开发项目产值达200多万元，创利税10余万元，发表论文20多篇，开展土壤肥料科普工作，主办《五色土》刊物等，深受老科技人员和研究所的欢迎。

    南京中科天仪公司党委设立因病致贫救助基金，帮助因重病大病而致生活困难的职工，全年合计救助36人，这项以人为本为民办实事的工作使党员群众得到实惠，增强了企业党组织的凝聚力，促进了公司的和谐稳定发展。