在2003年抗击非典的战斗中，为了研制出快速确诊SARS病人的试剂盒，必须尽快取得SARS病人的血样。邓亚军临危不惧，火线出击，三次前往当时疫情最严重的广州去采集SARS病人的血样，并将样品安全带回北京，保证了捐赠给国家的30万份用于检测SARS病人的ELISA试剂盒的研制成功。

　　2003年5月，为了检测出SARS病毒的特性，并研制出相应的抗SARS药物，邓亚军又连续在P3实验室工作了近三个月。进入这种实验室的工作人员必须进行严密防护，一般人很难在内连续工作4小时以上。但是邓亚军同志为了争取时间，每天都在P3实验室里连续工作8到9个小时，付出了别人难以想象的代价，最后终于从SARS病人的样本中分离出了SARS病毒，并进行了传代培养，保证了后续工作的顺利进行。

　　2004年12月26日印度洋海域发生强烈地震并引发了大海啸，导致沿岸各国大量的人员伤亡和经济损失，许多遇难人员的身份识别成为难题。得知这一消息之后，邓亚军主动请缨，挺身而出，带领北京基因组研究所共5名人员迅速组成了中国DNA援助组，于12月31日赶到泰国，在恶劣的条件下展开了救援工作。

　　在国际协调会上，邓亚军代表中国援助组提出愿意承担泰国此次海啸所有遇难者的DNA鉴定工作，并承担相应的检测费用，立刻震动了在场的国际同行，最终泰国政府同意将此次海啸泰国所有遇难者的DNA鉴定工作交由中国来做。在邓亚军的带领下，所有组员克服各种困难，团结一致、齐心协力，用实际行动赢得了泰国政府的高度赞扬和其他国际救援队的好评，国内外多家媒体也都给予了高度评价。

　　在这次国际救援行动中，邓亚军带领中国DNA救援组从科研工作者的职业道德出发，发扬国际人道主义精神，积极发挥共产党员的先锋模范作用，为了完成祖国的使命而不畏艰险，全力以赴，向世界各国展示了中国的科技实力，证明了中国科技工作者的水平和能力，为祖国赢得了荣誉。

　　由于她的现，邓亚军同志被评为2005年“中国科学院创新文化建设先进个人”、中国科学院(京区)优秀共产党员，2005年4月荣获团中央、全国青联颁发的第九届“中国青年五四奖章”，2005年11月荣获第七届“北京市十大杰出青年”称号。