铁道部刘志军部长在2003年5月青藏铁路建设领导小组第六次会议上强调指出：“要加强中科院、国家气象局等部门的联系，特别要重视中科院寒旱所的科研成果，及时用于指导设计”。

孙永福副部长批示指出：“中科院寒旱所为攻克青藏铁路多年冻土难关，开展了系统的科研工作，并已取得了可喜的进展。我们要认真贯彻和明确目标、制定措施、落实责任，希望总指、一院紧紧依靠中科院，以科研成果指导设计施工，确保冻土地区工程坚固可靠。” 孙永福副部长先后两次专程拜会陈宜瑜副院长，多次来所和北麓河研究站视察并提出要求。

国家青藏铁路领导小组办公室常务副主任覃武凌代表铁道部对中国科学院在青藏铁路建设过程中所起的作用给予以了较高的评价。他指出：中科院从立项、科研及气候变化的升温预测等，做了大量的工作，铁道部领导给予高度评价和充分的肯定：①参加了青藏铁路全线的立项、咨询。在立项阶段、建设过程，提出了许多重要的建议。②积极为设计、施工提供科学依据，主要参加主编了《青藏铁路多年冻土区勘测暂行规定》和《青藏铁路多年冻土区设计暂行规定》，暂规的编制在青藏铁路建设中发挥了重大作用。③“青藏铁路工程与多年冻土相互作用及其环境效应”科研工作取得了阶段性成果，对青藏铁路建设起到了十分重要的指导作用。④气候预测、多年冻土变化预测及其编制的多年冻土变化的趋势图，对施工、设计具有重要的指导作用。

青藏铁路建设总指挥部对中国科学院的工作给予极高的评价：中国科学院寒旱所承担中国科学院知识创新工程重大项目“青藏铁路工程与多年冻土相互作用及其环境效应”研究工作以来，紧密结合青藏铁路建设实践，解决青藏铁路建设中的实际问题，为青藏铁路建设做出了重大贡献：①基于对青藏铁路多年冻土区铁路工程和多年冻土之间的相互作用的深刻认识，和青藏铁路建设总指挥部一起，对全线高温不稳定多年冻土区的路基结构，改为“以桥代路”通过。已经修建的路基结构，部分也已改为桥梁通过，这样提高了线路技术标准，确保了青藏铁路在未来气温变化条件下的适应能力。冻土区类似这样的改桥线路达70公里，投资约28亿。②中国科学院与青藏铁路建设总指挥部联合，对片石路基结构机理研究，提出了片石结构设计参数，尤其是片石粒径、片石层厚度、碎石边坡宽度等关键技术参数。上述研究和计算结果均在青藏铁路中应用，全线在片石层结构路基方面投资约6个多亿，保证了工程可靠性，提高了路基结构对气温变化的适应能力。③中国科学院通过广泛参与青藏铁路工程，关于各类路基结构作用原理、设计参数、工程效果的研究成果都被广泛应用于青藏铁路建设中。④中国科学院寒区旱区环境与工程研究所所承担的“气候变暖对青藏铁路高原多年冻土影响的趋势分析”课题研究成果，为青藏铁路设计工作提供了基础性的科学依据。

青藏铁路公司在《关于调整青藏铁路多年冻土区工程设计原则的建议报告》中指出，目前设计思想的修正和各类补强措施(包括以桥代路措施)的实施，都要充分考虑中国科学院知识创新工程重大项目“青藏铁路工程与多年冻土相互作用及其环境效应”2002年度科学报告中提出的一些问题和初步结论。应该对设计思想及由此确定的设计原则进行思考，对所采取的设计原则指导下确定的工程结构类型和工程措施的适应性、可靠性必须放在气温升高的大环境下进行科学的评价。按未来50年青藏高原气温升高以及由此引起的冻土的变化，应当按照最不利的情况考虑，采用最安全、可靠的措施，确保这一宏伟工程经受住历史的考验。