黄宁生表示，这是一次渐进的稳健的改革，“体现了民生导向，比如，人口计生委和卫生部的合并将提高人口的素质和人民的健康水平。”

黄宁生认为，机构调整职能转变应从几个维度来考虑。“首先是简政放权，要充分调动中央和地方的积极性，现阶段要以重点调动地方积极性为主。”此外，政事分开、政企分开也要落实到位。

让黄宁生关注的还有作风问题。“职能要调整、机构要转变的同时，作风也要转变，只有这样才能切切实实达到清廉、务实、高效。如果作风不转变，还是达不到效果。”

为了让改革取得实效，黄宁生建议进行外部监督，“要分发挥人大的作用，每年开两会的时候，这25个部门应该让人大代表打分，写上意见并提出还改进内容，由全国人大代表来评价评估考核，达到职能转变的效果。”